一、本地Blast用途介绍：
在我们平时的学习、实验、和数据分析的时候经常会遇到将某条序列或者某个fasta文件比对到某个数据库的情况，或者已知序列与自定义数据库的比对，这种是在线blast无法完成的。下面就详细介绍一下本地的Blast（Basic Local Alignment Search Tool）的安装及使用。
二、本地Blast的安装：
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
1.点击下载。
2.下载后正常安装即可，这里不再赘述。安装成功后，会生成两个文件夹，分别是bin和doc，其中bin是程序目录， doc是文档目录。然后在目录下新建文件夹，重命名为db。
3.设置环境变量。右键点击“我的电脑”-属性，然后“高级系统设置”选项-“环境变量”，在用户变量下方点击“新建”-变量名：BLASTDB，变量值：D:\blast-2.7.1\db(即电脑上安装好后新建的db文件夹的路径)。在系统变量下方“Path”添加变量值：D:\blast-2.7.1\bin(即电脑上bin文件夹位置)。环境配置完成。
三、本地Blast。可以构建自定义数据库，也可以下载某些通用的数据库构建本地数据库，这取决于自己blast的目的。本文主要演示自定义数据库，但两者方法一样，通用数据库只是将数据库下载后建库。
1.首先需要准备需要比对的序列（fasta格式）和数据库序列（fasta格式），放在db文件夹下。这里准备的是蛋白序列。
2.建立索引：makeblastdb -in test.fa -dbtype prot -out test_db.fa
注：
-dbtype：序列类型，nucl为核酸序列，prot为蛋白序列。
-in：输入文件，fasta格式文件。
-out：输出文件
3.比对：blastp -query （1.fa） -max_target_seqs 10 -db （test_db.fa） -outfmt 6 -out （test.out）
注：
blastp：蛋白比对；
blastn：核酸比对；
-query：查询的输入序列，fasta格式文件；
-max_target_seqs：最多允许比对到数据库中的序列数目，参数仅适用于outfmt >4；
-db:比对用的数据库，跟上一步是一样的输出序列文件；
-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式（一般选6即可）
-out：输出文件
4.查看比对结果。如果选择tabular格式，对应的结果表头为：#query_ID #subject_ID #simility #length #mismatch #empty #query_start #query_end #subject_start# subject_end #evalue #bit_score
注：
simility：相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数；
E值（Expect)：表示随机匹配的可能性。E值适合于有一定长度，而且复杂度不能太低的序列。当E值小于10-5时，表明两序列有较高的同源性，而不是因为计算错误。当E值小于10-6时，表时两序列的同源性非常高，几乎没有必要再做确认；
bit_core:得分值越高说明同源性越好。
