ApplyRecalibration 和 ApplyVQSR 是同一个软件吗？

答：是。

ApplyRecalibration是gatk3的名字。ApplyVQSR是gatk4的名字。

见 https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/11565/what-is-the-difference-between-applyrecalibration-and-applyvqsr

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问题描述

当使用gatk4在做SNP变异检测时，官方文档推荐使用 VariantRecalibrator 和 ApplyRecalibration。见：

https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035535932-Germline-short-variant-discovery-SNPs-Indels-

然而gatk4里面根本找不到 ApplyRecalibration，也难以搜索到 ApplyRecalibration 的说明文档。

而且，gatk4里面的 VariantRecalibrator 里的参数，也显示输出的文件是用于给ApplyRecalibration。到底怎么回事？

所以就是换了名字，但是说明文档，软件参数还没来得及换。

博主使用的gatk版本是4.1.7.0。