Part3：函数与R包
03_rpackages.html
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1.函数与参数
1.形式参数与实际参数
image-20201121163955640.png
2.写函数的函数
image-20201121164054298.png
3.默认参数
作者会设计很多参数，但只有前1~n个是必须填的，其他的参数都有 默认值。
image-20201121164221388.png
2.R包
-
函数的集合，配以数据、说明、示例
程序包是什么？
R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。
也有的R包只有数据，没有函数
包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。
为什么要安装程序包？
特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。
例如：作图包ggplot2，差异分析包limma等等。
伪问题：学一个R包要多久？目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律
3.R包来源X3
-
CRAN网站
install.packages() -
Bioconductor
BiocManager::install() -
github
#括号里写作者用户名加包名 devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee") #网络问题经常导致github访问不了，可选择本地安装 devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip",upgrade = F)
4.设置镜像
- 镜像网站相当于主网站的副本，访问主网站存在障碍时，访问镜像网站也可。R和Bioconductor主网站位于国外，选择国内的镜像也可加快访问速度。
清华镜像(tuna，Beijing) http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
中科大镜像(ustc，Hefei) http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/
方法一：tools--global option--packages
-
方法二：代码设置
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tun a.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.e du.cn/bioc/
5.R包安装方式X3
install.packages("stringr")
BiocManager::install("ggplot2")
devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee")
library(stringr) #安装后加载
require(stringr)
6.R包使用逻辑
1.安装包-->加载包-->使用包里的函数
2.已安装、不加载，直接使用
BiocManager::install()
dplyr::filter() #包名 ：：函数名，表示显式的指定用某个包里的某个函数，通常用于实战中仅用一次的函数，也适用于两个包中 的函数名有冲突的情况。
7.获取帮助
1.快速查看函数帮助文档
?max或者help("max")
看描述/参数/实例
example(seq)
2.找R包介绍页面（必应直接搜/CRAN/Bioconductor)
3.少数R包有cheatsheets
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4.补充
image-20201121170930782.png
5.R语言里的符号
( ) #函数
[ ] #向量、数据框取子集
[[ ]] #列表取子集
$ #数据框取列，列表取子集
= , <- #赋值
== #判断是否相等
! #否定
{ } #多行代码
# #注释
“” #字符串
:: #包::函数
8.常见疑问
1.大片提示信息
- 检查是否有error，没有就忽略
2. package not available
image-20201121171537300.png
原因1：包名写错
原因2：安装命令使用错误
原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符（极少）
3.是否更新
image-20201121171628527.png
懒惰政策，能不更新就不更新，除非一直报错
4.加载A包，报错B包不存在
image-20201121171836877.png
5.报错中有connection或url、404、http
6.满分操作：判断式安装
if(!require(stringr))install.packages("stringr")
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