Mac M1 安装R包报错没有gfortran

问题原因总结
缺少适用于 Mac M1 的 Fortran 编译器（gfortran）就会导致如下包错：

ld: library 'gfortran' not found
clang++: error: linker command failed with exit code 1

• 原因分析：

• chromVAR 包在安装过程中需要编译包含 Fortran 代码的部分。

• 系统中没有安装适用于 Apple Silicon (ARM64) 的 gfortran 编译器，导致链接器无法找到 gfortran 库文件。

• 链接器搜索路径 /opt/gfortran/lib 不存在，无法找到必要的库。

2. 链接器搜索路径错误

• 链接器尝试在不存在的路径中搜索库文件：

ld: warning: search path '/opt/gfortran/lib' not found

• 这可能是因为系统环境中缺少正确的库路径设置，或者之前的编译器安装不完整。

解决方法总结

1. 安装适用于 Mac M1 的 gfortran 编译器

• 步骤：

• 从 R for macOS 工具页面下载适用于 Apple Silicon 的 gfortran 安装包。

• 直接下载链接：gfortran-ARM-12.2-Monterey.pkg

• 安装该包，将 gfortran 编译器和相关库文件安装到 /opt/gfortran/ 目录。

2. 确保系统正确识别 gfortran 库路径

• 验证库路径：

• 检查 /opt/gfortran/lib 目录是否存在并包含库文件。

• 设置环境变量（如有必要）：

• 在终端中添加库路径到 LIBRARY_PATH 和 LD_LIBRARY_PATH：

export LIBRARY_PATH="/opt/gfortran/lib:$LIBRARY_PATH"

export LD_LIBRARY_PATH="/opt/gfortran/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

• 或者将上述命令添加到 ~/.bash_profile 或 ~/.zshrc 中。

3. 重新安装关键的 R 包

• 重新安装 Rcpp 和 RcppArmadillo：

install.packages("Rcpp")

install.packages("RcppArmadillo")

• 这确保了这些包与新的编译器配置兼容。

4. 再次安装 chromVAR

• 使用 BiocManager 安装：

BiocManager::install("chromVAR")

• 由于之前的问题已解决，安装过程应当顺利完成。

结论

• 主要问题：缺少适用于 Mac M1 (ARM64) 的 gfortran 编译器，导致在安装 chromVAR 包时，链接器无法找到必要的 Fortran 库。

• 解决方案：安装适用于 Apple Silicon 的 gfortran 编译器，确保链接器能够找到并使用正确的库文件。