基因：（遗传因子）是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸序列。核苷酸序列指DNA或RNA  中碱基排列顺序。带有遗传信息的DNA片段称为基因，其他的DNA序列，有些直接以自身构造发挥作用，有些则参与调控遗传信息的表现。

基因表达：是指将来自基因的遗传信息合成功能性基因产物的过程，基因表达产物通常是蛋白质，但是非蛋白质编码基因如转移RNA或小核RNA基因的表达产物是功能性RNA，所有已知的生命，无论是真核生物，原核生物或病毒，都利用基因表达来合成生命的大分子。基因表达水平一般是通过读基因转录的mRNA的多少来衡量的。

信号通路：当细胞要发生某种反应是，信号从细胞外到细胞内传递了一种信息，细胞要根据这种信息来做出反应的现象。信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号（称为配体），包括激素，生长因子，细胞因子，神经递质以及其他小分子化合物等。细胞内各种不同的生化反应途径都是由一系列不同的蛋白组成的，执行着不同的生理生化功能。各个信号通路中上游蛋白对下游蛋白活性的调节（包括激活或抑制作用），主要是通过添加或去除磷酸集团，从而改变下游蛋白的立体构象完成的。所以，构成信号通路的主要成员是蛋白激酶和磷酸酶，他们能够快速改变和恢复下游蛋白的构象，从细胞受体接受外界信号到最后做出综合性应答，不仅是一个信号转导过程，更重要的是将外界信号逐步放大的过程。

基因注释：“基因组注释 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释。 

基因富集：基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法，富集是指将基因按照先验知识，也就是基因组注释信息进行分类。

基因测序：对基因组序列已植物中的个体，进行基因组测序，并进行差异信息分析的方法，从而实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测，分析特定DNA片段的碱基序列。

基因探针：即核算探针，是一段带有检测标记，且顺序已知的与目的基因互补的核酸序列，基因探针通过分子杂交与目的基因结合，产生杂交信号，能从浩瀚的基因组中把目的基因显示出来。

基因芯片：又称DNA芯片，基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核算探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基因表面固定了序列一致的靶核苷酸的探针，当溶液中带有荧光标记的核酸序列，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时，通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列，据此可重组出靶核酸的序列。将大量探针分子固定于支持物上后与标记的样片分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息，基因芯片主要用于基因的检测工作，基因芯片技术由于同时将大量探针固定于支持物上，所以一次性可以对样品大量序列进行检测和分析。一次芯片实验获得的是成千上万个基因的表达信息。

RNA-seq：对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，可以提供定量分析，检测基因表达水平差异。基因表达水平一般是通过读基因转录的mRNA的多少来衡量的。