bed文件转换为gtf文件

参考自 https://www.biostars.org/p/64346/

方法： 利用UCSC的bedToGenePred和genePredToGtf进行转换 下载可以用conda下载

bedToGenePred combined.bed /dev/stdout| genePredToGtf file /dev/stdin combined.gtf
#gtf第二列可以改个名字 下面就是改成new
sed -i 's/\/dev\/stdin/new/g' combined.gtf
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