示例:利用HPA数据库搜索血液中不同免疫细胞PD1表达情况

PD-1(程序性死亡分子1),有PDCD1基因编码,是一种重要的免疫抑制分子。之前我们对HPA数据库进行的简介,这里我们将利用HPA数据库示例,搜索血液中不同免疫细胞PD1基因表达情况。

进入HPA数据库,搜索检索词:PDCD1,在结果检索界面选择“Blood”。在该界面上,我们可以看到PDCD1的一般信息,以及人类蛋白表达图谱信息。我们发现PDCD1预测的部分主要为细胞内和细胞膜,在蛋白谱里可以看到该基因在哪个细胞系上富集。


继续下拉,我们可以看到在三个数据库中相关信息,分别是Consenses dataset,Monaco scaled dataset和Schmiedel dataset。我们可以看到Consenses dataset中描述了PDCD1在19种细胞中表达情况,Monaco scaled dataset分类更细致,有30种,其中免疫细胞分了更过的亚群,最后在Schmiedel dataset中,只描述了在血液免疫细胞中表达情况。

Consenses dataset:PDCD1主要在T细胞上表达,表达最高的是记忆CD8T细胞,其次记忆CD4T细胞,在GdT ,调节T,MAIT T也有一定程度表达,在Naive CD4和Navie CD8 表达很低,其余细胞几乎不表达。


Monaco scaled dataset:同样显示PDCD1主要集中在T细胞上,其中Effector记忆CD8T表达最高,具体我们可以通过点击Expression去看表达顺序。


Schmiedel dataset:显示PDCD1在T细胞表达比较高,但是区别前面两个数据库结果,这里表达最高的是记忆CD4T,因为我们发现细胞类别中没有记忆CD8T,因此我们了解到不同数据库选择细胞类型是有区分,我们根据我们具体需求选择相应数据。


另外我们可以通过图谱右上侧的Lineage,Expression和Alphabetical选择排序方式。


今天示例就简单介绍这里了,下次再见。

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