下载dbGap数据

第一次下载，记录一下。欢迎小伙伴提提建议，有什么更好更快的下载方式和操作

https://mubu.com/doc/a8VEr7Tfb0

找的时候居然忘记之前写过记录。。。😅

参考：https://github.com/JiFansen/Blog/issues/37

其他参考：

https://anjingwd.github.io/AnJingwd.github.io/2017/08/06/SRA%E6%A0%BC%E5%BC%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%8A%A0%E9%80%9F%E4%B8%8B%E8%BD%BD%E6%89%93%E5%8C%85%E8%A7%A3%E5%86%B3/

https://www.jianshu.com/p/80428485c897

下载和安装软件

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.1/ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz

解压：tar zxf ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz

安装：sh ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh

添加到环境变量：

echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

测试 ascp --help

使用conda安装sra-tools

conda install -c bioconda sra-tools

下载表型数据

使用ascp客户端，照着dbGaP的指示操作，然后更改程序或配置文件路径即可（也可以使用krt文件下载）

在My projects里面下载解密秘钥

加载秘钥文件

切换到Repository文件夹下，运行解密命令，直接解密文件夹

下载Run数据，参考prefetch用法

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetch

一般使用2种文件，要么是accession list要么是krt文件

nohup prefetch -o kart -X 9999999999999 ~/biodata/dbGap/krt_files/cart_prostate_wxs_* &