Day2-单细胞数据SRA下载

Linux下载单细胞数据

数据准备

  • 首先找到你想要的数据库，我这边选择gse155513，然后点击 SPR274643

    image.png

  • 在Send to选择File，Format点击RunInfo,然后Create File

    image.png

看看长什么样子


image.png

Linux下载原始数据

  • 进入Linux系统,选择目录
    cd /mnt/SSS/database
  • 创建文件夹
mkdir GSE155513RAW
ls#看看你创建了个什么东西
cd GSE155513RAW#进入下级目录
  • 新建一个txt
    vi downloads.txt
    按i进入insert模式
    将downloads_Path文本复制进去（观察文本完整性，自己补全），
    image.png

    esc退出
    按shift+:进去命令模式，输入“wq”保存
  • mwget后台多线程下载SRR文件
for i in `cat downloads.txt`;
do 
nohup mwget $i & 
done
  • 当然wget更加常用
    nohup wget -i downloads.txt &

今天就先下载着，什么时候下载好了，就fastq转化和cellranger

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