《细胞》杂志近日发表的一篇观点文章,美国博德研究所与多个实验室以及“人类肿瘤网络图谱”联盟(HTAN)合作,从时间—空间维度全面地对单细胞分辨率上肿瘤发展过程进行阐述和总结,建立“人类肿瘤网络图谱”,从而为各类型肿瘤生成信息丰富的三维图谱数据集。
这一图谱的建立工作,涵盖了肿瘤样本收集、细胞空间分析工具开发、数据分析、图谱可视化和查询等各个方面。为确保广泛性,需要从不同种族的人群中获得高质量的样本;而多数据集成、深度学习等技术,将会持续应用到对于图谱网络的建立之中。
癌症的关键转变包括肿瘤的起始、局部扩展、转移和治疗性耐药,这些转变涉及到动态肿瘤生态系统中细胞间的复杂相互作用。变革性的单细胞基因组学技术和空间多重定位方法现在提供了一个机会,以前所未有的分辨率来研究这种复杂性。人类肿瘤图谱网络(HTAN)是美国国家癌症研究所(NCI)癌症登月计划的一部分,它将建立一个临床、实验、计算和组织框架,为各种不同的肿瘤类型生成信息丰富和可访问的癌症转移三维图谱。这项工作补充了目前正在进行的绘制健康器官图谱的工作和以往大规模癌症基因组学方法侧重于在单一时间点进行批量测序的工作。生成单细胞、多参数、纵向图谱,并将其与临床结果整合,将有助于识别新的预测生物标志物和特征,以及治疗相关的细胞类型、细胞状态和细胞间的相互作用。由此产生的肿瘤图谱将对我们理解癌症生物学产生深远的影响,并有可能提高癌症的检测、预防和治疗发现,为癌症患者和那些有癌症风险的人提供更精确的药物治疗。
参考来源:http://www.cas.cn/kj/202004/t20200430_4744195.shtml
PMID: 32302568