一、UCSC Xena数据库下载数据

1、官方网址:https://xena.ucsc.edu/


2、点击上图“Launch Xena”,进入下图


3、点击上图“DATA SETS”进入下图


4、上图左边是不同癌种数据集,右边是数据中心,选择一个数据集和数据中心,数据中心一般选择GDC Hub,下载的是UCSC Xena最新更新的TCGA数据,但同样落后于TCGA官网数据更新,选择结肠癌数据集COAD,进入以下界面


5、如果要进行mRNA数据研究,选择“gene expression RNAseq”,里面有三种数据格式,因为是二代测序检测,所以要做差异分析一般选择“HTSeq-Counts”数据进行下载


6、上图download右边链接即为下载地址,记住UCSC Xena上的count数据都进行log2(count+1)转换,所以还需要转换为count数据


7、临床病理特征及生存数据,在“phenotype”中,点击后进入界面进行下载即可。之后所有文件保存到相应文件夹中即可。

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