(1)Migrate-n
Programming language：Perl
Reference:
Estimation of migration rates and population sizes in geographically structured populations（NATO ASI SERIES A LIFE SCIENCES，1998）
Maximum-likelihood estimation of migration rates and effective population numbers in two populations using a coalescent approach（Genetics，1999）
10.1214/lnms/1215455552（ Lecture Notes-Monograph Series，1999）
10.1073/pnas.081068098（PNAS，2001）
10.1007/0-306-46900-6_10（Computational and Evolutionary Analysis of HIV Molecular Sequences，2002）
10.1111/j.1365-294X.2004.02101.x（Molecular Ecology，2004）
10.1093/bioinformatics/bti803（Bioinformatics，2006）
10.1534/genetics.107.078931（Genetics，2007）
10.1017/CBO9780511626920.004（Population Genetics for Animal Conservation，2009）
10.1534/genetics.109.112532（Genetics，2010）
10.1201/b16965-15（Bayesian Phylogenetics: Methods, Algorithms, and Applications，2014）
10.1073/pnas.1810239116（PNAS，2019）
10.1101/587832（BioRxiv，2019）
Manual：https://peterbeerli.com/migrate-html5/tutorials.html
Link：https://peterbeerli.com/migrate-html5/download.html
（2)BayesASS3
Programming language：C++
Reference：
Bayesian Inference of Recent Migration Rates Using Multilocus Genotypes（Genetics，2003）
10.1111/2041-210X.13252（Methods in Ecology and Evolution，2019）
Manual：https://github.com/brannala/BA3/blob/master/doc/BA3Manual.pdf
Link：https://github.com/stevemussmann/BayesAss3-SNPs
(3)NewHybrids
Programming language：C，Shell
Reference：10.1111/j.1365-294X.2005.02773.x（Molecular Ecology，2006）
Manual：https://github.com/eriqande/newhybrids
Link：https://github.com/eriqande/newhybrids
(4)parallelnewhybrid
Programming language：R
Reference：10.1111/1755-0998.12597（Molecular Ecology Resources，2010）
Manual：https://github.com//bwringe/parallelnewhybrid
Link：https://github.com//bwringe/parallelnewhybrid
(5)introgress
Programming language：C，Shell
Reference：
①10.1111/j.1365-294X.2009.04098.x（Molecular Ecology，2009）
②10.1111/j.1755-0998.2009.02733.x（Molecular Ecology Resources，2010）
Manual：https://cran.r-project.org/web/packages/introgress/introgress.pdf
Link：https://www.rdocumentation.org/packages/introgress/versions/1.2.3/topics/introgress-package
(6)ABBA-BABA
Programming language：—
Reference：10.1038/nature11041（Nature，2012）
Manual：https://http://evomics.org/learning/population-and-speciation-genomics/2018-population-and-speciation-genomics/abba-baba-statistics/
Link：—
(7)hybriddetective
Programming language：R，C++
Reference：10.1111/1755-0998.12704（Molecular Ecology Resources，2017）
Manual：https://github.com/bwringe/hybriddetective
Link：https://github.com/bwringe/hybriddetective
(8)HyDe
Programming language：Python
Reference：10.1093/sysbio/syy023（Systematic Biology，2018）
Manual：https://github.com/pblischak/HyDe
Link：
①https://github.com/pblischak/HyDe
②https://hyde.readthedocs.io/en/latest/
(9)D3
Programming language：Python，R，Shell
Reference：10.1093/molbev/msz178（Molecular Biology and Evolution，2019）
Manual：https://github.com/mhibbins/D3_introgression
Link：https://github.com/mhibbins/D3_introgression
(10)PopCOGenT
Programming language：C++
Reference：10.1016/j.cell.2019.06.033（Cell，2019）
Manual：https://github.com/philarevalo/PopCOGenT
Link：https://github.com/philarevalo/PopCOGenT
(11)EasyParallel
Programming language：Python，Shell
Reference：10.1371/journal.pone.0232110（PLoS One，2020）
Manual：https://github.com/hzz0024/EasyParallel
Link：https://github.com/hzz0024/EasyParallel
(12)Dsuite
Programming language：C++，Python
Reference：10.1111/1755-0998.13265（Molecular Ecology Resources，2020）
Manual：https://github.com/millanek/tutorials/tree/master/analysis_of_introgression_with_snp_data
Link：https://github.com/millanek/Dsuite
