测序

测序原理

• 一代测序(Sanger测序)

1. ddNTP终止聚合
2. 凝胶电泳和放射自显影确定顺序

• 二代测序（PE）

1. 接头
2. 上样
3. 桥式pcr
4. 测序
   一些基本概念：

• flowcell： 测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lane
• lane： 测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置
• tile： 每次荧光扫描的位置，肉眼是看不到的
• 双端测序： 可能序列比较长有四五百bp，两边各测120-150bp
• junction： 双端测序中间一些没有测到的区域
• flowcell构造：一个lane包含两列（swath），每一列有60个tile，每个tile会种下 不同的cluster，每个tile在一次循环中会拍照4次（每个碱基一次）

测序历史

• 第一代：桑格尔-双脱氧链终止法测序行业金标准，成本高、通量低但准确
• 第二代：循环阵列合成测序法NGS，测序速度快、成本低、准确但读长短、拼接困难、PCR技术增加错误率
• 第三代：如下图
  超长读长、单独测序但错误率高

第三代测序.png

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测序常用数据格式.png