1. 下载所需样本的maf文件

网址：https://portal.gdc.cancer.gov/
simple nucleotide varaition→masked somatic mutation→感兴趣的癌种→cart下载

2. 整理成一个maf文件

参考：https://www.jianshu.com/p/718fd6d34696

3. 将maf文件转换成0-1突变矩阵

maf <- maf[maf$Variant_Classification != "Silent", ]   # Filter silent mutation
mut <- pmin(table(maf$Hugo_Symbol, maf$Tumor_Sample_Barcode), 1)
mut <- as.data.frame(mut)
mut <- dcast(mut, formula = Var1 ~ Var2)
rownames(mut) <- mut$Var1; mut <- dplyr::select(mut, -Var1)
# mut[1:5,1:5]

完成。