2024-05-02 解决ImportError: cannot import name '_compute_connectivities_umap' from 'scanpy.neighbor...

1. 报错描述:

当加载muon模块atac这个函数的时候,会出现下图报错


微信图片_20240502190908.png

2. 报错原因:

这个其实是muon包中该函数没有更新,与scvi包冲突,但是不能简单的靠着自行修改muon包中相应函数妄图消除报错。因为conda在加载包的同时会同时检测包的大小,一旦包的大小检测不过关,仍然会报错。

3. 解决:

将该问题po到github上,发现已经有人提出。这个问题其实就是它 https://github.com/scverse/muon/issues/135

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可以看到最早3.27的时候就有人提出该问题,但是muon包的作者一直没解决这个问题。所以,我也提了同样的问题,然后muon的维护人员很快回复提交一个新的版本,目前维护人员已经在conda上和pypi提交了muon v0.1.6。所以大家使用muon的时候一定要下载v0.1.6就能避免该报错。遇到报错,一定要在github上多push一下包的维护人员。

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加载后没有报错~

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