第145期学习小组Day1笔记-杨沐籽

终于加入生信星球的学习班啦,以前多次想过踏入生信的领域却缺乏合适的时间与合适的契机,感谢生信星球这个诚意满满的学习班

任务一. 如何学习生信?

一. 掌握搜索技巧

学会搜索是学习任何新知识的第一步

1. 搜索引擎推荐

  • 谷歌-搜索精准快捷,比某度不知强多少
  • 必应-界面优雅,操作便捷
  • 虫部落快搜-集主流搜索引擎于一体的神器

2. 专业教程搜索

  • 搜狗微信搜索-一键搜索所有公众号文章,不用一个一个公众号里扒了
  • 搜狗知乎-一键搜索知乎平台上所有相关文章,知乎与公众号是教程大户
  • 简书-知识分享的好平台,教程巨多
  • github-极客必上的平台,终极神器

二. 学会沟通交流

与人交谈一次,往往比多年闭门劳作更能启发心智。思想必定是在与人交往中产生,而在孤独中进行加工和表达。——列夫·托尔斯泰

1. 什么时候需要沟通交流

  • 不是所有问题都要与他人沟通,自学能力是作为学习者的必备素养
  • 但学习不是闭门造车,如果反复自我尝试仍无法解决问题,则要果断沟通

2. 和谁进行沟通交流

  • 与水平比你低很多的人交流,恐怕很难会有收获
  • 与水平比你高许多的人交流,但对方不一定会有耐心解答所有问题
  • 因此,寻找与自己水平相当的人沟通交流是最合适的

3. 生信学习中如何进行沟通交流

  • 问题要结合上下文,尽量完整,最好图文并茂
  • 提出生信技术性问题,而非任何问题

任务二. 如何搭建学习平台?

一. 相关软件

  1. 浏览器:推荐谷歌Chrome浏览器(自用Firefox浏览器感觉也不错)
  2. 电脑文件搜索:Windows系统自带的搜索程序
  3. 快捷截图软件:snipaste(个人自用软件FastStone Capture也非常好用)
  4. 电脑版微信:一方面传文件,一方面减少玩手机

二. 思维导图

  1. 幕布
  2. xmind

三. 电子笔记-简书markdown语言

「简书」作为一款「写作软件」在诞生之初就支持了Markdown,Markdown 是一种「电子邮件」风格的「标记语言」

  1. 先设置markdown编辑器
  2. 新建一个文章-注意一定要在编辑界面中再点击新建,否则无预览选项


    Inked2022-11-08_165023.jpg

    Inked2022-11-08_165603.jpg
  3. markdown语法是有自己一套编辑规则,在简书平台上搜索即可找到入门教程如下:献给写作者的 Markdown 新手指南

小结

  • 已掌握:生信学习的基本方法与平台搭建
  • 需加强:简书中Markdown语言的熟练,比如代码的引用

小练习-插入R语言代码

S.OS<-Surv(time = N0_20201001_$OS,event = N0_20201001_$death)
cox.N0xian.EMLNs<-coxph(S.R0xian~N0_xianai$性别+N0_xianai$年龄分组+N0_xianai$大体分型+N0_xianai$肿瘤部位NEW+N0_xianai$吸烟+N0_xianai$手术方式ABCD+N0_xianai$pT病理类型ABC+N0_xianai$pT肿物大小cm赋值,N0_xianai$N2清扫个数,data=N0_xianai)
Martin.N0xian.ETLNs<-residuals(cox.N0xian.ETLNs,type = "martingale",data=N0_xianai)
Figure.N0xian.EMLNs.martin<-ggplot(data = N0_xianai,aes(x=N0_xianai$全部清扫个数,y=Martin.N0xian.ETLNs,colour=N0_xianai$是否死亡2))+geom_point(size=2.5,shape=1,alpha=.7)+xlab("ETLNs count")+ylab("Martingale Residuals")+theme_classic()+geom_smooth(se=FALSE,colour="black")+scale_color_discrete(guide=FALSE)+scale_x_continuous(breaks = seq(0,60,2),limits = c(0,60))+geom_hline(aes(yintercept=0),linetype="dashed")
ggsave(filename = "HR plot for ETLN.tiff",dpi = 600)
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