2022-11-04 samtools sort: truncated file. Aborting

从文章里下的RNA-seq的数据分析,在做到sam转bam这一步时候报错,我先用的代码是
samtools sort -O BAM -o d2_r1.sort.bam -@ 6 d2_r1.sam
然后报错:

samtools sort: truncated file. Aborting

查了资料发现似乎是nohup在作怪
所以重新回到生成sam文件的那一步,这次不用nohup,然后再去做转bam文件
成功了

处理另一个文件的时候又出现了这个错误

samtools sort hPGCLC_d2_r2.sam > hPGCLC_d2_r2.bam

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容