安装R和Rstudio
R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
RStudio是R的集成开发环境，用它进行R编程的学习和实践会更加轻松和方便。
如何安装？
- 官网下载对应的R版本，安装即可。https://cran.r-project.org/
- 官网下载对应的Rstudio版本，安装即可。https://rstudio.com/products/rstudio/download/
安装生信需要的软件
如何安装生信需要的软件？
##第一种：直接安装
install.packages("pheatmap")
##第二种：Bioconductor安装
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("limma")
library(limma) #引用limma包
如何选择第一种还是第二种？
第一种
第二种
简单粗暴的方法：直接网页检索你要安装的包，然后一般来说根据检索结果选择第一种还是第二种方法。当然你也可以两种都试一下，东方不亮西方亮！
路径设置
#在开启一个新的生信分析流程前建议清空之前的环境
rm(list=ls()) #清除环境
getwd() #读取当前工作路径
setwd('/Users/pipiliaoping/data/191128') #设置工作路径
读取文件
rt=read.table("test.txt",sep="\t",header=T,row.names= 1,check.names=F)
#sep="\t"表示按制表符tab分割
#header=T表示表格第一行为列名
#row.names= 1表示第一列设为行名
#check.names=F不检查名字
可视化运算操作
rt=as.matrix(rt) #定义为矩阵
rt[,1] #取rt矩阵的第一列
x=x+1 #x加1
x=3*x #3乘以x
x=x/3 #x除以3
x=x^2 #平方
log(10) #自然对数
exp(2) #指数
abs(-10) #-10的绝对值
trunc(2.9) #2.9取整数为2
floor(2.9) #2.9向下取整2
ceiling(2.1) #2.1向上取整为3
输出文件
pdf(file="test.pdf",width=10,height=6) #设置文件名为test.pdf，宽10，高6
dev.off() #结束绘制
write.table(x,file="test.txt",sep="\t",col.names=F) #输出名为test.txt文件
