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#资料#技能树爆款入门(生物信息学)全国巡讲准备工作答疑 (qq.com)
#1.软件安装
#2.环境配置
#3.R包安装
rm(list = ls())
options()$repos
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror
# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)
# 下面代码被我注释了，意思是这些代码不需要运行，因为它过时了，很多旧教程就忽略
# 在代码前面加上 # 这个符号，代码代码被注释，意思是不会被运行
# source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# library('BiocInstaller')
# options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
# BiocInstaller::biocLite("GEOquery")
# BiocInstaller::biocLite(c("limma"))
# BiocInstaller::biocLite(c("impute"))
# 但是接下来的代码又需要运行啦
options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))
library("FactoMineR")
library("factoextra")
library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(hgu133plus2.db)
library(limma)
library(org.Hs.eg.db)
library(pheatmap)
#clusterProfiler包不合适，需要加载GO.db包
install.packages("GO.db")
#install.packages 中的警告：包“GO.db”不适用于此版本的 R
#如果所要下载的R包不在R语言官网上，
#那它极有可能在Bioconductor或者Github上
#可以先登录Bioconductor官网（http://www.bioconductor.org/）搜索相关R包
#选择一个合适的版本
#如下
#GO.db
#Bioconductor version: Release (3.13)
#A set of annotation maps describing the entire Gene Ontology assembled using data from GO
#Author: Marc Carlson
#Maintainer: Bioconductor Package Maintainer <maintainer at bioconductor.org>
#Citation (from within R, enter ):citation("GO.db")
#Installation
#要安装此包，请启动 R（版本"4.1"）并输入：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GO.db")
#R包在Windows可能是需要rtools的安装才能解决报错
#安装完成后，您还需要执行一个步骤才能编译 R 包：您需要将 Rtools make 实用程序（bash、make 等）的位置放在 PATH 中。
#最简单的方法是在您的 Documents 文件夹中创建一个文本文件 .Renviron，其中包含以下行：
PATH="${RTOOLS40_HOME}\usr\bin;${PATH}"
#您可以使用文本编辑器或像这样从 R 执行此操作（请注意，在 R 代码中，您需要转义反斜杠）：
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
#现在重新启动 R，并验证是否可以找到 make，它应该显示 Rtools 安装的路径。
Sys.which("make")
## "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"
#如果可行，您可以尝试从源代码安装 R 包：
install.packages("jsonlite", type = "source")
#如果这成功了，你就可以开始了！ 请参阅以下链接以了解有关 rtools4 和 Windows 构建基础结构的更多信息。
