植物群落alpha多样性的计算

今日有个群有小伙伴问alpha多样性的计算，简单回答了一下，顺便放到公众号吧。

众所周知，群落的alpha多样性我们用的较多的指标是richeness, shannon-winner指数, evenness（均匀度）,辛普森指数1-D，辛普森指数的倒数1/D，下面我们就以vegan包中的BCI数据集为例，计算alpha多样性。

因为我之前记vegan包中有样方数据例子，但是想不起来数据集具体名字，于是使用print(data(package='vegan')) 查看此包中的示例数据集，然后选用数据集BCI。

image.png

data(BCI) ####查看数据

image.png

这是BCI数据集的介绍（50个样方的物种信息-宽数据）

image.png

好的，数据准备就绪，接下来就是用diversity函数完成计算了。 diversity函数的使用提示可以用?diversity查看。

d <- BCI # 先给BCI赋值给d，后面输入就简单点
data.frame就是将这些数据链接起来成为一个数据框

adiv <- data.frame(richness=specnumber(d),
                   shannon=diversity(d, index="shannon"),
                   simpson=diversity(d, index="simpson"),
                   invD=diversity(d, index="invsimpson"),
                   evenness=diversity(d, index="shannon")/log(specnumber(d)))
adiv

image.png

这就是每个样方的alpha多样性啦，所有代码贴在下面

# install.packages('vegan')

library(vegan)

print(data(package='vegan')) ##查看vegan包中的数据集

data(BCI)##查看BCI数据

d <- BCI ##将数据赋值给d

?BCI##查看BCI数据来源，行列名代表什么
?diversity##查看diversity包的帮助文档

adiv <- data.frame(richness=specnumber(d),
                   shannon=diversity(d, index="shannon"),
                   simpson=diversity(d, index="simpson"),
                   invD=diversity(d, index="invsimpson"),
                   evenness=diversity(d, index="shannon")/log(specnumber(d)))

adiv