学习前需掌握
(1)R的赋值符号不是等号,而是<-
(2)在Console 控制台输入命令,相当于Linux的命令行
(3)R的代码都是带括号的,括号必须是英文的。
(4)显示工作路径 getwd()
(5)向量是由元素组成的,元素可以是数字或者字符串。
(6)表格在R语言中改名叫数据框
(7)别只复制代码,要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时,除了百度/谷歌搜索以外,用这个命令查看帮助:?read.table
,调出对应的帮助文档,翻到example部分研究一下。
(8)数据类型(重点只有两个,剩下的不看)
向量(vector)👈重要
矩阵(Matrix)
数组(Array)
数据框(Data frame)👈重要
List
正文
一、向量
1.标量和向量的区分
首先明确“元素”的意思,元素指的是数字或者字符串(用chr表示)等,根据它可以区分两个词:
标量:一个元素组成的变量(1或者"e")
向量:多个元素组成的变量(c(1,2,3)或者c("e","zai","zi"))
(补充:一个向量是一排有序排列的元素,以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。字符串使用时需要加引号)-
理解元素、向量和标量
使用时,一般都会直接给变量定义,也就是“赋值”,字面意思是赋予这个变量一个数值(其实也不一定是数值,还可以是字符串/数据框等等)。
x<- c(1,2,3)
#常用的向量写法,意为将x定义为由元素1,2,3组成的向量。
x<- 1:10
#从1-10之间所有的整数
x<- seq(1,10,by = 0.5)
#1-10之间每隔0.5取一个数(注意是逗号不是分号)
x<- rep(1:3,times=2)
#1-3 重复2次
tips:如果这几行代码都打过了,那么x就被赋值了4次,结果就是,第一次赋值被第二次的覆盖了,第二次的赋值又被第三次的覆盖了,以此类推,以最后一次为准哦。 -
给变量赋值后
2.从向量中提取元素
二、数据框
- 练习:
X<-read.csv('doudou.txt')
(1)读取本地数据
read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header=T)
#sep = "\t":以Tab作为分隔符,header=T:表示文件数据带表头
<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header=T
注意:
(2)设置行名和列名
X<-read.csv('doudou.txt')
#在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X)
#查看列名
rownames(X)
#查看行名,默认值的行名就是行号,1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"
#有的公司返回数据,左上角第一格为空,R会自动补为x,用这个命令来修改,将第一列列名更改为bioplanet
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)
#最后row.names的意思是修改第一列为行名
(3)数据框的导出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)
#分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号)quote=F表示输出的char或factor不用""引住;quote=T则使用""
(4)变量的保存与重新加载
- (这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。)
-
save.image(file="bioinfoplanet.RData")
#保存当前所有变量 -
save(X,file="test.RData")
#保存其中一个变量 -
load("test.RData")
#再次使用RData时的加载命令
(5)提取元素
-X[x,y]
#第x行第y列
-
X[x,]
#第x行 -
X[,y]
#第y列 -
X[y]
#也是第y列 -
X[a:b]
#第a列到第b列 -
X[c(a,b)]
#第a列和第b列 -
X$
列名#也可以提取列(优秀写法,而且这个命令还优秀到不用写括号的地步,并且支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列)
(6)【选修部分】直接使用数据框中的变量
提取某两列作散点图: -
options(stringsAsFactors = T)
#环境设置函数,设置数据框的读取方式,将String读取为Factor -
a <-data.frame(case=paste0("S",1:9),values=runif(9))
paste0("S",1:9)将S与1-9的数字连接起来形成字符,runif(9):产生9个随机数 plot(a$case,a$values)
省力不用重复输入a
方法1:attach
将数据框名添加到搜索环境中:attach(a),作图时就只需输入列名(连$都不用了)。
attach(a)
-
plot(case,values)
方法2:with
with(a,{ plot(case,values)
x<<-summary(values)
#求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量,也就是出了大括号仍有效。})
x
#运行完后打印x
作业:save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found,是为什么,应该怎么解决?
回答:没有定义X变量