再也不用担心Excel基因名变成日期了

前一段时间处理数据发现Excel里面的差异基因有一部分变成日期了,直接想到了之前在生信技能树看到博文。现在转发出来。

听说Excel表格动了你的基因名?

原创 生信技能树 生信技能树

很简单啊,修改回来啊!!!

帮同学处理一下他从公司拿到的差异分析结果,当然,给我的是Excel表格,老规矩,导出csv然后读入R,然后准备顺手画个火山图,PCA图,热图,做个GO/KEGG富集分析。下意识的看了看数据结构,然后顺手按照基因名排序了一下,哈哈哈~

image

这是一个大坑。

就因为这个还有两篇文章;

  • Mistaken Identifiers: Gene name errors can be introduced inadvertently when using Excel in bioinformatics 2004年

  • Gene name errors are widespread in the scientific literature 2016年

也有人在论坛上面发问,高达2K的阅读量: https://www.biostars.org/p/211861/

Some gene names start with APR/MARC/SEPT* etc default converted into date format.

我们生信技能树论坛也有人分享过: Excel-坑你的基因名没商量!

随意篡改20%的遗传学论文!可就在今年8月份,三位科学家在《Genome Biology》期刊上发表论文,称他们发现20%的遗传学论文包含了Excel软件导致的基因名转换错误。他们对论文进行的扫描显示,科学文献中的基因名错误十分普遍,在默认设置下Excel软件会将基因的名字转换成日期或浮点数。举例来说,基因名字SEPT2和MARCH1会被分别转换成2-Sep和1-Mar;标识符2310009E1被转换成浮点数2.31E+13。

但是,如果你会编程的话,事情就很简单咯,一句话搞定!

a$Gene.Symbol=unlist(lapply(as.character(a$gene_assignment),function(x){trimws(strsplit(x,'//')[[1]][2])}))
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 218,640评论 6 507
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 93,254评论 3 395
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 165,011评论 0 355
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 58,755评论 1 294
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 67,774评论 6 392
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 51,610评论 1 305
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 40,352评论 3 418
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 39,257评论 0 276
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,717评论 1 315
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,894评论 3 336
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 40,021评论 1 350
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,735评论 5 346
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 41,354评论 3 330
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,936评论 0 22
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 33,054评论 1 270
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 48,224评论 3 371
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,974评论 2 355

推荐阅读更多精彩内容