首先，在文獻中找到了GSE號，在右上角中的GEO accession中輸入，來到了這一個頁面
1. 下載表達矩陣
拉到最後，下載GSExxxxxx_RAW.tar
2. 下載原始數據
找到Relation，這時候會出現三種情況：
1）找到sra
2）找不到sra，但是像下圖一樣出現其他GSE號，看文字描述，點擊RNA-seq的GSE號，最後找到sra
3）根本就沒有sra X_X
在點進GSE號後，還是沒有sra，那就回文獻中仔細看看吧，有可能根本就沒有
附上我的失敗經驗：在下載GEO數據時遇到的各種問題 - 简书
點擊了sra後就會進入這個頁面
然後就下載了一個csv檔案，如下：
1）利用可以用鏈接下載的軟件（如迅雷）：download_path列
下載完成後，會得出一堆以lite.1為結尾的檔案，雖然不是.sra，但不影響下一步用fastq-dump
2）用sra toolkit ：第一列
1. conda 環境：可以下載anaconda：Free Download | Anaconda
2. 下載sra toolkit github-ncbi-SRA toolkit
在終端中（單次下載）：
conda activate
cd /xxx/xxx/xxx/sratoolkit.3.0.7-mac64/bin #進入解壓後檔案的bin中
./prefetch SRRxxxxx #第一列的號碼
簡單方便快捷的後台下載：
conda activate
cd /xxx/xxx/xxx/GSExxxx #進入檔案的下載路徑
soft= /xxx/xxx/xxx/sratoolkit.3.0.7-mac64/bin/prefetch #sra toolkit的路徑
nohup $soft --option-file prefetch.txt &>sam.txt&
有可能出現 ./prefetch.sh: line 1: 19358 Killed: 9
要到設定---私穩與保案---允許從以下來源下載的應用程式 中強制打開
如果還是不行的話，到/xxx/xxx/xxx/sratoolkit.3.0.7-mac64/bin中，用文字編輯打開prefetch文件強制打開。
等sra下載好後，就要轉為fastq：
首先，在終端中以 ls 獲取目錄下的所有文件名，然後放入txt中，但是這樣會有空格，很麻煩，怎麽辦呢？
把頁面拉一下就行了，只會生成一行一個
用文字編輯器生成一個sra.txt，把檔案名复制進去
***檔案最後一行要再換行，不然無法讀取最後一個檔案名
再用文字編輯器生成一個sra.sh，內容如下所示：
可更改的部分：
第三行 outdir fastq： fastq為輸出文件夾的名稱
第四行 done < sra.txt ：sra.txt為上述包含sra檔案名稱的txt
如需.gz ，可以在--split-3後加上 --gzip
while IFS= read -r sra_file
do
nohup fastq-dump --outdir fastq --split-3 "$sra_file" &
done < sra.txt
將sra.txt與sra.sh放到當前目錄下，回到終端中，輸入以下命令為腳本添加可執行權限
chmod +x sra.sh
再輸入以下命令運行腳本就可以了
./sra.sh
***本菜鳥對Linux了解有限，目前有以下問題：
1. 76個樣本中少跑了一個，不知道為什麼
*231025已解決：在最後一行要再換行
有時間我再優化一下（頂鍋逃走
