首先，在文獻中找到了GSE號，在右上角中的GEO accession中輸入，來到了這一個頁面

GEO頁面

1. 下載表達矩陣

拉到最後，下載GSExxxxxx_RAW.tar

按http

2. 下載原始數據

找到Relation，這時候會出現三種情況：

1）找到sra

點擊sra處，就可進入下一步

2）找不到sra，但是像下圖一樣出現其他GSE號，看文字描述，點擊RNA-seq的GSE號，最後找到sra

點擊GSE178807

3）根本就沒有sra   X_X

在點進GSE號後，還是沒有sra，那就回文獻中仔細看看吧，有可能根本就沒有

附上我的失敗經驗：在下載GEO數據時遇到的各種問題 - 简书

什麼都沒有。。。

點擊了sra後就會進入這個頁面

勾選需要的數據，然後send to-File-RunInfo-Create File

然後就下載了一個csv檔案，如下：

第一列或download_path列

1）利用可以用鏈接下載的軟件（如迅雷）：download_path列

打開迅雷，按右上角的＋號，選擇添加鏈接

把csv中的download_path全填進去，選好下載路徑設置，然後等就可以了

下載完成後，會得出一堆以lite.1為結尾的檔案，雖然不是.sra，但不影響下一步用fastq-dump

全都是幾GB的，要下載很久

2）用sra toolkit ：第一列

1. conda 環境：可以下載anaconda：Free Download | Anaconda

2. 下載sra toolkit github-ncbi-SRA toolkit

下載得到gz檔案後解壓

在終端中（單次下載）：

conda activate

cd /xxx/xxx/xxx/sratoolkit.3.0.7-mac64/bin  #進入解壓後檔案的bin中

./prefetch SRRxxxxx  #第一列的號碼

簡單方便快捷的後台下載：

conda activate

cd /xxx/xxx/xxx/GSExxxx  #進入檔案的下載路徑

soft= /xxx/xxx/xxx/sratoolkit.3.0.7-mac64/bin/prefetch  #sra toolkit的路徑

nohup $soft --option-file prefetch.txt &>sam.txt&

有可能出現 ./prefetch.sh: line 1: 19358 Killed: 9

要到設定---私穩與保案---允許從以下來源下載的應用程式 中強制打開

設定

如果還是不行的話，到/xxx/xxx/xxx/sratoolkit.3.0.7-mac64/bin中，用文字編輯打開prefetch文件強制打開。

等sra下載好後，就要轉為fastq：

首先，在終端中以 ls 獲取目錄下的所有文件名，然後放入txt中，但是這樣會有空格，很麻煩，怎麽辦呢？

請無視那兩個.fastq

把頁面拉一下就行了，只會生成一行一個

搞定！

用文字編輯器生成一個sra.txt，把檔案名复制進去

***檔案最後一行要再換行，不然無法讀取最後一個檔案名

一定要一行一個

再用文字編輯器生成一個sra.sh，內容如下所示：

在後台運行的fastq-dump，可以處理txt中的所有文件，輸出在fastq文件夾中

可更改的部分：

第三行  outdir fastq： fastq為輸出文件夾的名稱

第四行 done < sra.txt ：sra.txt為上述包含sra檔案名稱的txt

如需.gz ，可以在--split-3後加上 --gzip

while IFS= read -r sra_file

do

     nohup fastq-dump --outdir fastq --split-3 "$sra_file" &

done < sra.txt

將sra.txt與sra.sh放到當前目錄下，回到終端中，輸入以下命令為腳本添加可執行權限

chmod +x sra.sh

再輸入以下命令運行腳本就可以了

./sra.sh

***本菜鳥對Linux了解有限，目前有以下問題：

1. 76個樣本中少跑了一個，不知道為什麼

      *231025已解決：在最後一行要再換行

有時間我再優化一下（頂鍋逃走