南京城区九华山，又名覆舟山，山形狭长，顶呈平行，《寰宇记》记载：“周围三里，高三十丈，东接青溪，北临真武湖，状如覆舟，因以为名。”后因山南山麓建有小九华寺，亦名小九华山，简称九华山。
东晋时期，覆舟山南建起中国第一座皇家建筑——北郊坛，辟有药圃，种植芍药供宫廷用药。宋文帝刘义隆元嘉年间，将药园垒、西池、北郊坛合并，辟为乐游苑，成为六朝盛极一时的皇家园林。
覆舟山紧邻皇宫，东是战略要地龙尾坡（今富贵山），在军事上为要隘，成为兵家必争之地。东晋时，发生过苏峻之乱、桓玄篡晋、侯景之乱，以及隋兵渡江伐陈，因为战事导致战乱，皇家园林遭遇焚毁，隋唐宋元以后，覆舟山风光不再。
1943年底，建三藏塔，供奉玄奘大师的顶骨舍利，称玄奘寺。
玄奘寺依山而建，寺院规模不大，与九华山公园合二为一。公园大门，即为玄奘寺山门，拾级而上，一座仿古建筑，平台迎面处刻有“千古一完人”，系国学大师梁启超先生对玄奘大师的评价。
玄奘寺前殿，供奉玄奘大师和他的两个弟子窥基、圆测塑像。塑像上方，朱底金字匾额的“法门领袖”，这个评价对玄奘大师当之无愧。殿内四壁刻有玄奘西行漫长曲折的取经故事壁画，寺院的重大法事都在这里举行
玄奘殿 供奉骑狮的文殊菩萨和骑象的普贤菩萨铜像。塑像背面雕有海岛观音菩萨圣像。
玄奘殿供有观音、文殊、普贤、地藏四方菩萨，满足不同香客对各方菩萨的朝拜。其中供奉的地藏菩萨，坐姿，面容、造型与玄奘大师颇为相像，有人说地藏菩萨的塑像就是参照玄奘大师而造的，综观各寺院供奉的地藏菩萨像，与玄奘大师面容很像。
玄奘殿偏殿两侧分别是玄奘大师文献陈列馆和纪念物流通处。文献陈列馆陈列着《大唐西域记》等玄奘著作以及他翻译的经文，四壁介绍玄奘生的平事迹。
玄奘殿后面是天井，经过天井的台阶，通向九华山山顶，山半腰竖立着玄奘身负古笈青铜塑像：玄奘身负装有书籍、衣物的箱子，叫笈。笈的前方悬挂一盏油灯，这是为夜间赶路照明。
灯是光明的象征，也是佛法的譬喻。佛典中说，若在佛寺、佛塔、佛像前燃灯供养就会有很大功德。佛寺大殿供奉三世佛，其中过去佛即是燃灯佛。《大智度论》曰：“一切身边如灯，故名燃灯太子，作佛亦名燃灯。”灯在黑夜给人以光明，照亮前行之路。
在佛典中，“无明”居于“十二因缘”的首位，是造业的根源，三界轮回的种种苦恼都由此而起。按照佛家的说法，佛法犹如明灯，可以驱除黑暗，让信徒豁然开朗，脱离苦海。
葬有唐代高僧玄奘顶骨舍利而闻名中外的砖塔即三藏塔屹立在玄奘身负古笈青铜塑像后上方，塔仿西安兴教寺玄奘塔（大雁塔）形式而造，塔的每层开辟有四扇拱形门，共五层，第一层的南面塔壁上镌刻“三藏塔”字样。玄奘大师灵骨舍利供奉处在第一层类似棺木的圆形石墩内，小石碑上刻有“玄奘大师灵骨”字样，塔基青石上有三藏西行取经图和兽头。
三藏塔左侧的六和亭，是呈六角形的仿古风格建筑。另一建筑六和钟，质地为精铜和黄金，六和钟外侧雕有龙凤呈祥图案。
六和亭与佛家六和同义：身和同住，口和无诤，意和同悦，戒和同修，见和同解，利和同均。
六和钟则与日、月、星、天、地、人，六者相契，演绎成现代含义是家和、人和、气和、理和、情和、事和，所谓“家和万事兴”，则万事顺达。
无论是六合亭还是六和钟，都寄寓着人类向往幸福和平的美好愿望，对生活在快节奏、高压力，浮躁处处皆在的现代人们，不啻是精神、心灵、身体得到净化和休憩的启示与去处，当你漫步绿树环抱之中，瞻礼玄奘寺，静听梵音，能够看到南京六朝、明代、民国的文化缓缓游走于曾经的九华山、玄奘寺，更深的体会：“蝉噪林逾静，鸟鸣山更幽”的超世意境。
