这一步我也是走了很多弯路啊，之前没有去掉引物和barcode，所以跑程序经常断掉。
当时我的错误是
Self-consistency loop terminated before convergence.An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1)
Exception: An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more.
这里面涉及到还有其他很多问题，当然这只是其中一个，论坛上的人非常Nice 。
这里主要讨论如何去引物和Barcode。
说到barcode 建议看一下洲更的一篇专门介绍Barcode的文章，有什么index 和inline之分。
官方网站提供了说明文档，介绍如何去除barcode
https://docs.qiime2.org/2018.2/plugins/available/cutadapt/?highlight=cutadapter
分双端和单端测序的
我这里发现我的所有样品的引物都是一样的，我感觉我切了引物，那么barcode 也是切掉了。
那么我就来切引物
说明是这样的
太长了，屏幕无法截屏
自己看文档吧
https://docs.qiime2.org/2018.2/plugins/available/cutadapt/trim-paired/
主要要搞清楚 是在3'端还是5'端来选择参数
这是我的设置
qiime cutadapt trim-paired
--i-demultiplexed-sequences paired-end-demux.qza
--p-cores 8 --p-front-f CCTACGGGNGGCWG
--p-front-r GACTACHVGGGTATCTAATCCY
--o-trimmed-sequences trimmed-seqs.qza
--verbose
如果对自己的数据很熟悉，那么做起来会快很多。
然后观察一下
我们可以来看一下summary
qiime demux summarize \
--i-data paired-end-demux.qza \
--o-visualization paired-end-demux.qzv
qiime demux summarize \
--i-data trimmed-seqs.qza \
--o-visualization trimmed-seqs.qzv
这一步是qiime2 生成可视化数据的一步
qiime tools view paired-end-demux.qzv
qiime tools view trimmed-seqs.qzv
切之前
切之后
前面确实被切掉了
这是一种切的方法，当然，在不合并前也可以切，或者在其他阶段切引物都可以。
