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ls -h

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ls -l

列出目录的详细信息

ls -s

以文件大小排序

ls -t

一时间排序

ls -alhs

以全部详细易读的形式展示，并按文件大小排序

awk 四句必学代码+内置符

echo 1 2 3 |awk '{ print "total pay for", $1, "is", $2 * $3 }'

echo $PATH|awk -F ':' '{print $1}'

echo $PATH|awk -v FS=":" '{print $1}'

以上两句等同

cat /etc/passwd |awk -v FS=":" -v OFS="\t" '{print $1,$7}'

cat /etc/passwd |awk -F ':' 'BEGIN {print "name,shell"} {print $1","$7} END {print "blue,/bin/nosh"}'

以下是老师讲课过程中比较重要的几个完整代码：

zless -S /teach/database/gtf/gencode.v29.annotation.gtf.gz |grep -v '^#'|head -n 5|awk '{sum=sum+$4}END{print sum}'

cp /teach/rna_testdata/document/.bashrc ~

zless -S /teach/rna_testdata/database/gtf/gencode.v29.annotation.gtf.gz |cut -f 1,3-5|less -S

zcat /teach/rna_testdata/database/gtf/gencode.v29.annotation.gtf.gz |cut -f 1,3-5|less -S

cat /etc/passwd|cut -f 1 -d ':'|less -S

zless -S /teach/rna_testdata/project/1.rna/2.raw_fq/SRR1039511_2.fastq.gz|paste - - - -|cut -f 1-2|tr '\t' '\n'|tr '@' '>' |less -S

 cat tmp1 tmp2|sort -u

  cat tmp1 tmp2|sort |uniq

  cat tmp1 tmp2|sort |uniq -c

zless -S /teach/rna_testdata/database/gtf/gencode.v29.annotation.gtf.gz |cut -f 1|sort|uniq

find /teach/ -name 'S*R*gz' 

ls /teach/rna_testdata/project/1.rna/2.raw_fq/*gz|cut -d '_' -f 1|sort|uniq >sample.txt

zless -S /teach/rna_testdata/database/gtf/gencode.v29.annotation.gtf.gz |grep -v '^#'|head -n 5|grep -w 'gene'

zless -S /teach/rna_testdata/database/gtf/gencode.v29.annotation.gtf.gz |grep -v '^#'|grep -w 'gene'|cut -f 1|sort|uniq -c

 seq 100|grep -e '0$' -e '2$' -e '4$' -e '6$' -e '8$'

  seq 100|grep  '0$\|2$\|4$\|6$\|8$'

 seq 100|grep -E '0$|2$|4$|6$|8$'

   seq 100|grep -E '[02468]$'

   seq 100|grep '[02468]$'

zcat fq.gz|paste - - - -|cut -f 1-2|sed 's/\t/\n/'|sed 's/@/>/'

出现报错

nl /etc/passwd|awk 'NR==100{print $0}'

 # cat gtf|sed -n '100p'

# cat gtf|head -n 100|tail -n 1

cp /home/t3/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh ~

总结：linux的几个基本命令的区别还要继续尝试，发现的错误暂时还没解决。