R包安装遇到Java版本问题

重新装完R 3.6.2之后,发现xlsx 和rJava两个包都不能加载,觉得是不是自己没装Java的问题,便在官网上下载了最新版本的Java
image.png

装完之后,发现还是没有解决,我本人完全不懂Java,便按照如下链接对Java进行了配置:

  1. 在terminal中运行
java -version

查看已安装的版本,正常情况下就应该有以下内容。

查看Java版本

如果没有版本信息,说明 jdk 没有正确安装,到 Oracle 官网下载一个 jdk 并安装就可以了。

  1. 检查 JAVA_HOME 变量是否设置正确
echo $JAVA_HOME

以查看 JAVA_HOME 变量。如果结果是一个路径,则一切正常。而如果没有任何显示,则需要做一下配置,我就是没有任何显示,所以按照以下进行了配置:
在 terminal 中运行

open .bash_profile

打开 .bash_profile,这是配置环境变量的地方。如果打开失败则是因为没有这个文件,先用

touch .bash_profile

新建这一文件,然后再打开它进行编辑。输入代码:

export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home`

保存。运行

source .bash_profile

来应用更改,重启 terminal 再查看 JAVA_HOME 便能看到路径了。


路径

快捷键command+shift+G打开“前往文件夹”,可以按以上显示的路径进入查看。

  1. 重置 R 中的 java 环境变量
    在terminal中,使用
sudo R CMD javareconf
  1. 在 RStudio 中配置 java 环境变量
    打开 RStudio,在控制台运行
options("java.home")

如果结果为 NULL,则环境变量为空,需要设置。参考下列语句对环境变量进行设置:

options("java.home"="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.2.jdk/Contents/Home")#"/Libraray/Jav...ts/Home"这一串需要是你的JAVA_HOME路径
  1. 检查其他问题
    在完成上述步骤后,极大可能这一问题已经解决了,但我仍然不能加载 rJava 库。为什么呢?回头看看报错信息的一部分:
Library not loaded: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib

lib 路径为什么凭空冒出来一个不存在的版本号11.0.1呢?我可从来没有安装过这个版本的 jdk,尝试着解决这个问题:

在控制台运行

library(rJava)

之前,将目录名 jdk-11.0.4.jdk 暂时改为 jdk-11.0.1.jdk

  1. 问题原因推测

rJava 包的安装需要用到 java 运行库,加载过程使用的脚本 rJava.so 没有使用 java 的环境变量,而是通过检测系统的 jdk 版本直接读取指定目录中的 lib 文件,这一个文件目录在 jdk11 中被固定为 11.0.1,因此任意更高版本的 jdk11 都将遇到这一错误。其他版本 jdk 也可能会有类似错误。

最后,不要忘记把 jdk 目录名改回来

以上修改方法均参考自https://zhuanlan.zhihu.com/p/84978204?from_voters_page=true

解决完之后,我可以正常加载xlsx和rJava包了,说明配置成功!
但是我在安装这个包的时候发现了以下问题而不能安装!!!!


安装MSGFplus报错

我查了一下,发现官网上说这个问题的出现是因为Java前后版本的不同所导致的,官网上给了一个文件:
官网问题的解决

但是不知道该怎么具体操作,但知道是版本问题,所以我重新下载了一个旧版本的Java,一共重新下了俩:下载了13.不行,重新下载了1.8.0_241
安装包
下载的Java
将两个高版本的删掉之后,只保留了1.8.0_241,然后在terminal中,查看了一下,发现自动变成了1.8.0_241版本
image.png

然后直接去R studio中,设置环境变量

options("java.home"="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-1.8.0_241.jdk/Contents/Home")

install.packages("~/Downloads/MSGFplus_1.20.0.tgz", repos = NULL, type   = .Platform$pkgType)
library(MSGFplus)
library(xlsx)
library(rJava)

均没问题!!

小结:以后再遇到Java版本问题,需要升级的话,直接下载新版本,删掉旧版本,在terminal确定安装好即可,然后去R里重新配置。

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