本次笔记分享主要参照 Y大宽和生信札记 的推文以及自己实际用过过程中的一些心得编写！
一、大致思路
也可以参见：基因家族分析
二、具体操作
2.1参考序列准备
a.可以以模式植物该基因家族的全部蛋白质序列作为参考（如拟南芥），序列批量下载以拟南芥BZR基因家族为例
进入TAIR官网——download——genes——gene families——gene- families-seq-updata.txt（右键将此链接保存即可获得拟南芥所有基因家族成员的ID号）
复制粘贴BZR任意一个基因（如：At2g35530）到search框，点击search，进入下一个页面，点击get all sequences，在弹出的框里输入目的基因ID号即可获得相应的序列（Dataset:根据自己的需要选择）
其他批量获取序列的方法可以参见：如何在NCBI批量下载基因家族序列？
b.隐马尔科夫模型下载（以WRKY基因家族为例）
进入pfam官网——keyword search:WRKY-GO——点击PF03106——Curation&model——Download即可下载相关文件
2.2候选基因的ID的获取
可利用tbtools中的双向blast或者simple HMM search程序获得候选基因的ID。具体操作参考
TBtools基因家族分析详细教程（1）和使用HMM进行基因家族鉴定？无人不能
2.3基于保守结构域进一步筛选，具体参见Batch SMART 最强序列特征[结构域]预测软件
用过SMART NCBI-CDD Pfam(在线工具)还有TBtools的batch SMART以后，个人觉得TBtools的TBtools的batch SMART非常好用，强烈推荐。
2.4基因定位染色体
a.使用TBtools绘制
在第一个框里输入目标物gff3文件，第二个框里输入鉴定出来的目标基因家族的基因成员ID——start即可获得
b.使用在线网站绘制：
网址：http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/
使用方法参见：基因家族成员在染色体上的位置
染色体长度信息查找方法：
2.5共线性分析
参见： 任何人！一键完成物种间的共线性分析与可视化和花舞lala:零基础多物种间共线性分析
注意ctl文件的修改（即去掉不想展示的染色体）
如修改以后，TBtools运行报错如下图（文本出现""）,只需用记事本打开修改过的ctl 文件——删除 ""——保存即可。
本次只分享仅写了对于我自己来说计较容易出错的地方。如有错误的地方，欢迎指正！
TBtools——基因家族分析推荐看：生信札记 和 Y大宽 的推文，讲解非常详细。如果想要对基因家族分析过程中涉及的专业名词有一个大致的理解，推荐看：山东大学或者河南科技大学在中国慕课平台开设的公开课《生物信息学》。
