重拾linux语言的学习是因为要学习cell ranger了，悄悄给自己立下flag要看懂cell ranger的源代码。所以话不多说开始吧。
wkd=/home/project/single-cell/MCC(这一步应该就是将文件名进行缩写)
cd $wkd/raw/P2586-4
cat SRR_Acc_List-2586-4.txt |while read i
do
time fastq-dump --gzip --split-3 -A $i ${i}.sra && echo"** ${i}.sra to fastq done **"
done
上述代码是再下载别人的Sra数据后，用fastq-dump将sra格式转化成fastq
1.wkd
wkd=/home/project/single-cell/MCC，这一步应该就是将文件位置进行缩写
2.cd
cd（英文全拼：change directory）命令用于切换当前工作目录。
/ 表示根目录
./ 代表当前目录
. 当前目录
.. 上级目录
~ 当前用户的默认工作目录
cd 进入用户主目录
cd~ 进入用户目录
cd- 返回进入此目录之前所在目录
cd. 当前目录
cd.. 返回上上一级目录
cd/ 进入根目录
cd./ 切换到当前目录的某个文件夹
cd../.. 返回上两级目录
cd!$ 把上个命令的参数作为cd参数使用
cd /home 相当于查看有多少普通用户的家目录
3.cat
cat（英文全拼：concatenate）命令用于连接文件并打印到标准输出设备上。(真是非人话，其实就是看文件内容)
功能：
1.显示文件：cat filename
2.用键盘创建文件，仅用于创建新文件，不能用于编辑文件： cat > filename
3.将几个文件合并为一个文件：cat file1 file2 > file
4.复制文件内容
基本语法：
操作的文件在同一目录中则用：cat [option] [filename]...
不在同一个目录中，则需说明该文件的路径：cat [option] [path/to/file]...
1.显示文件内容
cat filename 在终端显示文件内容
cat /etc/hostname/filename 显示特定位置的文件内容
cat * 在命令中使用通配符
cat file1 file2 file3 可以在终端中组合并显示多个文件内容
2.复制文件内容
将一个文件的输出复制到另一文件，如果目标文件不存在，将首先创建它，否则将覆盖目标文件。
cat [源文件] > [目标文件] cat file1 > file2
将创建file2，并将file1的内容复制到该文件
3.在文件中显示行号
cat -n file1 显示文件每一行编号，同时空行也会编号
cat -b file2 将不给空行编号
4.建立文件
cat > file1 输入要储存的文件中的文本，并按Ctrl+D保存退出
5.结合sort使用，排序输出
cat file1 | sort 以按字母顺序对输出文件进行排序
cat file1 file2 | sort > file3 在有多个文件情况下，可以按照字母顺序输出到一个文件
6.删除连续空行
cat -s file1 将合并那些连续空行，并将他们显示为一个空行
7.显示制表符
cat -t file1 显示文件中哪些地方使用了tab制表符，有制表符的地方将显示为^I
4.特殊符号 [;] [&&] [&] [|] [||] [-] [--]
