miRNA靶基因预测数据库

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1.Tarbase:实验证据支持的miRNA靶基因数据库

http://www.microrna.gr/tarbase

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这里还支持搜索多个miRNA

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然后点击Pred.Score就会跳转下方页面,就有结合的分数:


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同样也可以根据基因搜索:
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也可以看到有哪些实验的支持,有哪些细胞系,结合的分数都是可以看到的
这个数据库相对来说是比较可靠的,数据库永远没有一个完美的点,但是Tarbase有实验证据的支持,所以相比较其他数据库来说还是比较靠谱的,但是预测的数量较少,所以就要结合其他数据库的结果。

2.TargetScan (http://www.targetscan.org/)

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结果可以下载,有两种格式:txt和exls

这些网站也有很多文章去评测,每个miRNA靶基因预测网站预测出来的结果其实差别是很大的,所以一般是要采取至少2-3个预测网站的结果,才是认为是可靠的。

3.miRanda, mirSVR

http://www.microrna.org/microrna/getMirnaForm.do

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4.PITA

http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

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5.starbase :http://starbase.sysu.edu.cn/

Starbase是全中国生物信息学数据库影响力最高的,没有之一,这是中山大学开发的一个数据库。获得了很多miRNA研究者的关注,并且在不断的更新。现在有了新的名字叫:ENCORI.


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点击这里

哺乳动物类降解组数据基本都是0,如果研究的是植物就可能就不是0

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左侧也是可以进行修改的

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有一个非常重要的方法去获得多个数据库预测到的结果:

当你把Excel表格下载下来之后,可以通过公式(乘法法则)来筛选同时被几个数据库筛选的靶基因,最后得到的不为零的正整数就是比较可靠的结果

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