五笔字形的编码是按汉字书写顺序，以基本字根为单位、再按一定的编码规则给出的，编码长度最多为四码（即四个字母）。
五笔字形规定，单个汉字可分为三类：键名汉字（共25个）、成字字根汉字（即一个汉字本身就是一个基本字根，不包括键名字）键外字（即必须拆分为两个或两个以上字根的汉字）。下面分别介绍这三类汉字的编码规则。
1、键名汉字的编码
前面介绍了键盘上Ａ～Ｙ共25个键位，分别在键上各字根中取一个字根作为其键名字，它们的编码是把所在键的字母连写四次，输入它们时需连敲四下。
例如： “王”字的编码为：GGGG，输入时需连敲G键四下。
键名字共有25个：
王（G） 土（F）大（D） 木（S） 工（A）
目（H） 日（J）口（K） 田（L） 山（M）
禾（T） 白（R）月（E） 人（W）金（Q）
言（Y） 立（U）水（I） 火（O） 之（P）
已（N） 子（B）女（V）又（C） 纟（X）
2、成字字根汉字的编码
在130多个基本字根中，除25个键名字根外，还有几十个基本字根本身也是汉字，如“八、用、西、石”等，在五笔字形方案中，称它们为成字字根。成字字根汉字的编码规则为：键名码＋首笔码＋次笔码＋末笔码
其中，键名码即该汉字字根所在键的字母；首笔码、次笔码和末笔码不是按字根取码，而是按单笔画取码，横、竖、撇、捺、折五种单笔画取各区第一字母，即：横（G）、竖（H）、撇（T）、捺（Y）和折（N）。当成字字根仅为两笔时，只有三码，则补上空格键作为编码的结束。例如：汉字“古”所在键名D，首笔画为“一”，次笔画为“丨”，末笔画为“一”，因此，汉字“古”的编码为DGHG。
3、键外字的编码
凡是键外字，首先必须按其书写顺序拆分为基本字根。
凡由四个或超过四个安根构成的键外字，均取共第一、二、三、末四个字根码组成它的输入码。例如：
汉字“酸”，拆分为：西 一 厶 夂，编码为SGCT； 汉字“熊”，拆分为：厶 月 匕 灬，编码为CEXO。
凡由不足四个字根构成的键外字，在依次敲入其字根码后，再补一个识别码，以补足四码（如果仍不足四码，再补一个空格键）。
一个汉字的识别码是由该汉字的末笔笔画信息和字形信息结合组成，也称末笔字形交叉识别码。汉字的识别码如下表所示。
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键外字末笔字型交叉识别码表
末笔画 | 汉字字形
| 左右型 上下型 杂合型
横 | G F D
竖 | H J K
撇 | T R E
捺 | Y U I
折 | N B V
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在一个汉字拆出的字根不足四个，其码长不够四码的情况下，为什么五笔字形编码方案不是简单地补一个空格结束，而是引进末笔字型交叉识别呢？我们通过一些示例来说明这个问题。
例如，汉字“沐、汀、洒”的字根编码均为IS，这三个汉字均为左右型汉字，但“沐”的末笔画为捺、“汀”的末笔画为竖、“洒”的末笔画为横；汉字“什、仁、付”的字根编码均为WF，这三个汉字无谓左右型汉字，但“什”的末笔画为竖、“仁”的末笔画为横、“付”的末笔画为捺；汉字“叭、只”的字根编码均为KW，这两个汉字的末笔画均为捺，但“叭”为左右型汉字，而“只”为上下型汉字。
这样的例子还可以举出许多，由此看出，字根不足四个的汉字，拆出的字根编码重码率较高，如果只简单地补一个空格键结束，这些汉字都可能成为重码汉字；但另外一方面，对于字根编码完全相同的汉字，其末笔画及字形也完全相同的可能性则大大减少。所以，字根不足四个的汉字编码在补上识别码后，可用它来区别可能重码的那些汉字，取到消除重码的目的。末笔字交叉识别码就是在这种考虑下提出来的。
例如，汉字“沐”的字根编码为IS，末笔画为捺、左右型汉字，识别码为Y，其五笔字形编码为ISY：同样，“汀”的五笔字形编码为ISH，“洒”的五笔字形编码为ISG。
需要说明的是，关于末笔画，在特殊情况下有如下规定：
⑴包围型汉字中的末笔，规定取被包围部分的末笔。如“国”字的末笔取“丶”。
⑵对于有走之底的汉字，不以走之作为末笔，规定以去掉走之部分后的末笔作为整字的末笔。如“逞”的末笔取横。
⑶末字根为“力、刀、九、匕”时，一律规定末笔画为折。如“化”的末笔取折。
⑷“我、线、成”等汉字的末笔一律取撇去点。
