我们最常用最熟悉的功能数据库之一：GO（gene onotology），基因本体论。其实是一套标准词汇术语，目的是从不同角度来描述某个基因的特点和功能，三大本体如生物学进程（BP）、分子功能（MF）和细胞组分（CC）。
看文献的时候，偶然看到了TO（trait onotology）和CO（crop onotology）这些概念，网上一查，原来好几年前就提出来了，专门针对植物的，基于表型性状的一种分类方法，也建立起了相应的数据库。
一、PO/TO
Plant and Trait Onotology（PO、TO）的官网Planteome：https://planteome.org/，看到这个词，不仅想又一个组学？
PO和TO的区别：
关于TO，又有解释：
一套标准词汇术语近似于GO：
实际上，这个 PO 分析可以作为比较基因组的分析范畴：
也有有向无环图：
整个项目源码：https://github.com/Planteome/plant-trait-ontology
资料参考：Plant and Trait Ontology Current Status
二、CO
而 CO（crop onotology）又是另外一个项目了。它是从作物Crop的角度出发创建的一套分类标准和描述语录。
同样也是模仿的GO规则：
比如说水稻：
官网：http://www.cropontology.org/
源码：https://github.com/bioversity/Crop-Ontology
文档参考：Crop Ontology: Vocabulary For Crop-related Concepts
后记
分类在生物学中可谓无处不在，如我们用 Taxonomy 来做物种分类，使用KEGG Pathway 来分类不同通路途径等等，几乎所有的分析都要基于分类。
GO是从基因的角度出发创建的一套标准语义，PO/TO是从植物性状的角度，CO则是以作物本身的角度，那么是否还会有其他的Onotology提出并创建？理论上说，只要能分类，都是可以的。完全可以做transcript onotology、protein onotology、metabolite onotology等等。如下图，都可以，关键是有没有必要，这样做的意义大不大。反正在它们还没被广泛接受和应用的时候，我是不会用的。
表型和性状本身是个非常宽泛的词，如果只将生物的因果划分为表型和基因型两类，那么除基因组外的其他组学都可视为表型。
