天时，地利，人和，以人和为最。
公元26年9月，赤眉军再入长安，但他们并没有吸取一年前的教训，终究因为粮草紧缺，3个月后，也就是公元26年12月，再次退出长安，准备向东方发展。
刘秀的部将邓禹被赤眉军打败后，刘秀马上派遣将军冯异领兵西进，牢牢咬住关中长安这块肥肉，刘秀在派兵西进的同时，再三叮嘱冯异“收心为上，略地为下”，绝对不能成为第二个赤眉军。针对赤眉军东归，刘秀在前期包围防线的基础上，以新安、昆阳、宜阳北中南三座城市为据点，重兵防守，以逸待劳，准备迎头歼灭赤眉军主力。
赤眉军自起义以来，前前后后打过的大小战役也算不少，活到现在的首领们再怎么也是懂得用兵手段的，于是经御史大夫樊崇、丞相徐宣等分析，刘秀集团此时正忙于巩固洛阳都城，并派兵向周围扩张势力，在中原地区脚都跟尚未站稳，所以，赤眉回军关东遇到的敌对力量很可能不会太大。故作出了以下东归作战策划：放弃攻击渭北邓禹的残军；不理会延岑的骚扰部队；直接向冯异的西路军发起主要进攻；而后出函谷关后，仍按当年入关的路线东进，然后往东南方向发展。
赤眉军往东走了没多久，便遭遇冯异和邓禹的联军，双方在湖城爆发战斗，冯异在出发前刘秀只给了他2万人马，邓禹手底下也只有1万多残兵，所以这3万人面对赤眉军的主力不出所料被正面击败，但赤眉军一心东归，没多大心思追击他们，冯异、邓禹保全了进半部队逃离。
自古以来，长安作为一块宝地，常常会与崤函之固联系在一起，函指函谷关，长安的东大门，崤是崤山，长安的东墙，赤眉军想出关中，这东门和东墙必须得过，过得去便是海阔凭鱼跃，过不去，那就只能成为永不翻身的咸鱼。冯异能成为东汉云台二十八将靠前几名，也不是吃闲饭的，湖城兵败后，迅速向函谷关进兵，准备关上这座大门，同时一路上让当地豪强坚壁清野，不给赤眉军提供任何援助，赤眉军因疲惫饥饿战斗力降至低谷。
公元27年闰正月，赤眉军即将到达函谷关，同时，也步入冯异为他们精心准备的罗网。这场战役被称为崤底之战，其实就是典型的诱敌伏击战，冯异事先安排好了伏兵穿着赤眉军服装，派了小部人马诱骗樊崇等人进了他的包围圈，终于在崤山谷底围歼迫降赤眉军8万人马，樊崇等人率领10余万主力向南奔逃。刘秀听闻冯异击败赤眉军的消息后，立即加强3个方向的防御，赤眉军在向南逃亡的路上，正好遭遇宜阳守军，在此前有拦路虎，后有野孤狼的绝望之景，请降是唯一的出路。赤眉军被围的第二天，樊崇与刘盆子及丞相徐宣以下30多大臣将军正式向刘秀投降，进献汉代的传国玺绶、更始的七尺宝剑，同时交出自己的兵甲，接受刘秀统领，至此，波荡起伏的赤眉起义宣告终结，他们算是幸运的，因为成就了一个更伟大的传奇。
