题目:对DEseq2差异分析得到的差异基因进行GO富集。
目的:旨在对基因和蛋白质功能进行限定和描述的。
内容:
1. 下载GO注释背景文件,准备好需要富集的基因列表。
2. 将数据上传到TBtools中进行基因富集。
数据:进一步筛选得到的差异基因列表。
工具:TBtools。
步骤:
- 打开TBtools软件,找到GO enrichment。
2.在1处可以点下方download在线下载go-basis.obo文件,并上传。2处上传下载好的GO注释背景文件。3处粘贴富集需要的基因列表。然后选择结果文件的储存位置,就可以按下start按钮进行富集。
结果:
富集得到如下的结果文件。表格中是D2天上调基因富集到的结果,包括分子功能,生物学过程,细胞组分三部分。根据p<0.05进行了筛选,得到的是误差符合要求的通路。