1、胚胎本身质量不佳
最常见的原因是胚胎自身的遗传物质，也就是染色体，有巨大问题，导致无法继续生长。据统计，单次孕早期胚胎停育的原因有50%-60%是因为胚胎染色体异常。
偶然的一次胎停育，属于自然淘汰，对下次妊娠无明显影响，但是，如果连续胎停育2次或者以上，夫妻双方则需要警惕，怀孕前最好进行更深一步的化验和检查。
2、生殖内分泌因素
胚胎着床及继续发育依赖于母体复杂的内分泌系统彼此间的协调，在妊娠早期雌激素、孕激素、人绒毛膜促性腺激素等三种激素占主导地位。
而且在母体内激素水平是相互协调的，如果母体自身的激素水平不足，就满足不了胚胎发育的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。 其中最常见的是黄体功能不足，即孕激素水平不足，就造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。
3、母体因素
胎儿是依靠母体而生的，当孕妇患有全身性疾病或者感染了某种病毒，都可能导致胚胎发育异常或者孕早期流产。
生殖器官疾病如子宫畸形、子宫肌瘤或宫腔粘连等，子宫的内环境和子宫整体的环境都有可能对胚胎有影响。
4、胎盘因素
胎盘是负责给胎儿输送营养和氧气的，如果胎盘发育不良或者出现疾病，那么胎儿就将得不到营养和氧气，而停止生长。
5、免疫因素
近年来的研究发现，免疫因素是引起胎停育或自然流产的主要原因之一，尤其是发生2次或者2次以上胎停育或自然流产。
免疫因素主要是包括同种免疫因素和自身免疫因素。 同种免疫：主要是指封闭抗体，医学认为，胚胎是父母的遗传物质的结合体，属于同种异体移植物，怀孕以后，母体会产生一种封闭抗体，维持体内免疫平衡，能帮助母体识别来自父方的抗原，防止母体将胚胎作为异物，受到母体免疫系统攻击，从而维持正常妊娠。如果母体封闭抗体不足，母体不能识别来自父方的抗原，引发母体免疫系统对胚胎的攻击、排斥，导致胎停育、流产。
自身免疫抗体：是指母体体内产生一系列自身抗体对妊娠产生免疫应答，对胚胎发生免疫排斥而最终导致流产。主要包括抗磷脂抗体和甲状腺抗体。
6、不良环境因素
随着城市化的发展，环境因素对于胚胎发育的影响也越来越大。如果准妈妈在胚胎发育初期，经常接触比如射线、噪声、超声、高温等物理因素，以及重金属铅、汞，和各类化学物品，二硫化碳、麻醉气体、甲醛等都可致胚胎停育。
另外，不良的生活习惯，如长期熬夜、抽烟、酗酒、吸毒，也会增加胚胎停育的风险。
