开场动画结束后，画面转到刘备所在小屋，一番剧情对话之后介绍操作方法。出门后与年轻人撞在一起，对话得知太守刘焉正招募将士。城内北面进入宫殿前，张飞突然出现，对话并加入队伍。与右下角武器店右侧之人对话，得知是关羽，对话后关羽加入队伍。刘关张三人开始结拜。动画过后，获得造诣「桃园结义」。
刘关张三人齐聚后进入幽州大殿，获得太守刘焉所赠与的军备，按照指示将三人的武器防具装备上后便可离开大殿出城讨伐黄巾贼。出城时刘备会介绍战斗的操作步骤，以便日后的行军作战(注意特定的计策在使用时可以使用方向键左右，切换目标范围)。
熟悉战斗操作后，前往北方山洞进行探索。山洞内有大量初始补给品和部分装备，山洞内右下角有位老人，与其对话得知在洞穴内与黄巾贼战斗可获得任务道具「残留的铜块」。获得该道具后，交于老人，老人随后离开。(在此洞穴中遇敌，遇到黄巾贼时，可有几率获得该道具)。
离开山洞，由幽州城向东南方向行军，可看到南皮城，上前对话，守城的兵士告知程远志正在攻打西南方的南皮村。刘备军动身向西南方前进，在南皮村口与程远志军发生战斗。
战斗中刘备会介绍战气值在战斗中的重要性。此战需要注意的是计策的运用和熟悉，攻击性计策和回复性计策，按方向键「左右」可以切换范围为全体和单体，切换全体时候伤害均分但总额增加。此外己方角色处还会显示成功率。集火程远志后开启「总攻」便可轻松结束战斗。
南皮村外的战斗胜利后，程远志带兵撤回南皮城，刘备军则顺势进入村落。如果在之前的山洞中给予老人道具，则可进入左上角的屋内与老人对话，获得打造过的武器「短剑·匠」，并获得造诣：「残余之器」。此外，在役栈下方的屋内，与书生对话，可免费休息一晚，恢复所有的兵力和策略值。
天亮后，出村返回途经的南皮城，此时程远志已率兵把守，对话后与程远志发生第二次战斗，敌军此时携有南皮城的城防加护状态「城防lv1」减少所有的伤害5%，赵弘速度较快，善使计策，对张飞克制较大，需优先击败，之后稍加恢复总攻即可取胜。
进入南皮城后，在左上方的屋内发现一名书生，此人便是二周目的强力谋士郭嘉。需要注意的是，南皮城并没有「宿」屋可以恢复，但可以买到防御稍高的木盾以及补给神丹复策丹。
离开南皮后回到幽州城，大殿内与太守刘焉禀报，被委托继续攻打东面的平原城剿灭黄巾军本部。与在旁的简雍对话后，其加入队伍，刘备军有了第一位谋士(此角色实力并不强劲，但在前期辅助能力突出)，军力大增。
出城后一直往东南方向继续前行，此时有两条进攻路线：一是从东南方据点突破，二是从东北方山洞进军。若选择强攻东南据点，建议先回幽州城大殿收入简雍，并且全队平均等级达到Lv6以上才选择进攻。此战斗开始会受到敌军的突袭，恢复压力很大，需备好药品，优先击破弓系敌将张燕和速度较快的赵弘，胜利后可获得造诣「初心奋战」。突破后，据点和东北方山洞都可畅行无阻，「强石之躯」事件关闭，刘备军需要四人继续攻打平原(不推荐此剧情路线，如选择东北方的山洞，难度则大幅下降)。
回到正常剧本路线，依照刘备的提议放弃强攻据点，进入东北方的山洞，可在洞内进行一番搜寻，此洞穴内有一金色宝箱，可触发多次物品几率获得，最多可开启五次，需从正面洞口进入后，往下走一步，便可沿石墙外围行军。
注意：日后行军过程中还会多次遇到同类宝箱，奖励丰厚。如果不想遗漏，可通过存档和读取大法进行多次试验。
在洞穴的东面出口处，遇管亥与高升阻拦，刘备军只得与其开战。若之前未在幽州收复简雍，他会在此处支援刘备军。
此战敌人队伍只有四人，且不会偷袭，相比强攻据点路线的战斗难度大幅下降。敌将张燕输出能力颇高(弓武将，普通攻击命中和伤害下降25%，攻击次数x2)。优先击败后，再集中削弱其他人兵力便可总攻(此战结束后，后续剧情便会遭遇高强度偷袭，推荐立刻进行全队补给)。
刘备军战胜管亥等人后，顺利来到平原城附近。往东进军时，未料遭遇到张梁的伏击，此战进入战斗之前刘备军会遭受到落石的伤害，进入战斗后血量下降，加上敌军的偷袭，对于刚经历完战斗的刘备军来说异常艰难，被全灭后则会自动触发剧情退往幽州城。
如果强行突破此战，需要提前回幽州恢复状态，准备丹药。刘备军只有四人，建议平均等级为lv5以上，承受住第一波偷袭后，针对兵力损耗补给恢复，保证兵力安全，再行反击。优先击退张梁和邓茂，此二人的计策容易造成张飞连续阵亡，战斗胜利后可获得造诣「强石之躯」。此时山洞和东南据点都已畅通，「初心奋战」事件关闭。
选择山洞路线战败后，刘备军再次来到幽州城大殿休整(胜利则需要自行返回)。与太守刘焉对话得知孙策正要前往平原与父亲孙坚汇合，此时可以获得强力援军—孙策。孙策能力很强，四维能力完全可以应付初期章节的战斗，后期亦有不俗的实力。(此角色会在第一章结束时离开队伍，在后续的剧本中达成条件可使其再次加入刘备军)。
收入孙策后离开大殿，正准备去平原城时，关羽开始指导队伍「武将技」和「被动」的应用，教学完成之后刘备军全体习得武将技。如果之前选择「初心奋战」造诣路线，关羽会在平原城门外进行教学。合理利用「武将技」和「被动」的效果会让战斗更加顺利。
战斗力大增的刘备军来到平原城，与守城的太平道人张角正式交锋。此战敌军五人配置均衡，携带一级城防。有孙策助阵，平均等级达到LV6以上，这场战斗并不算太难，可优先击杀张角和张梁，二人的计策伤害对张飞威胁很大，张角的武将技「太平」威力并不高，但对我军士气造成压制。刘备和简雍注意全军的血量补给，便可获得胜利。若选择「初心奋战」路线，无孙策的帮助下战斗稍难，仍然要迅速击杀张角和张梁保证张飞的安全，注意恢复则不难取胜。
战斗结束后，张角施展太平要术逃离平原城。刘备军进驻平原城，进城后获得重要提示，可在武器店进行装备打造，游戏锻造系统正式开启，等级训练系统也同时开启，与城内右下方的夫人交谈可以了解训练所的常规功能并获取部分练兵值。
平原城大殿内，见到了孙坚将军，得知张角已逃往黑山。一番对话后，孙坚加入队伍(与孙策相同，孙坚会在第一章结束时离开队伍，可在后续的剧本中达成条件再次使其加入，孙坚武将技和被动非常强势，可保证普攻伤害最大化)。此外平原城内东南面刘备军会遇见旅人，上前对话选择正确答案「选项二」后获得「初魂石x5」。左上角屋内立柜调查获得南皮城书生所寻「残旧的书」，此处可返回之前的南皮城与书生相告，即可获得重要物品「虎符」。途中再次路遇旅人，回答问题「选项三」后获得本章最强武器「铜枪」，高额的攻击配合张飞的被动让伤害更加突出。
正当刘备军从平原城出兵时，先锋军的曹操所率部队已向黑山发起进攻，未料被张角设下的幻术石阵所困。刘备军随行前往石阵，与曹操对话后得知在黑山东北面，寻找左慈先生可破此阵。找到左慈先生的居所后，左慈赐予刘备军三道「古玉真形符」，按照其给予的方法，分别用于石阵内的三条裂缝处，即可成功破除石阵。
消除幻术后，曹操先一步进入黑山，与山角下的张梁再次交锋。张角幻化出落石，将曹操击退。此时若持有书生给予的「虎符」，交与曹操，曹操可暂时加入队伍，并获造诣：「枭雄合力」(二周目再完成此造诣可获得天赋「仲裁」)。周目二获得虎符的曹操加入队伍后，返回南皮城寻找书生，是郭嘉的仲间条件之一。否则曹操将会退回平原城，由刘备军继续进攻黑山，此战稍有难度，敌军的伤害并不高，但每回合会有落石强袭，伤害不俗，不过此时我军的阵容也非常华丽，曹操、孙坚、孙策都已临时加入，只要注意全军兵力恢复，逐个集火击杀，便可完成突破。
再次击败张梁后，刘备军登上黑山，向黄巾贼发起最后的进攻。来到山巅存档后与张角展开最终决战。在与张角决战之前，可回平原城做好充分准备，购买好恢复兵力和计策值的丹药，在南皮城、平原城购买章节最好的武器防具(铜剑、木盾、木盔、单甲等)，优先强化「甲」类防具，魂石充足的话可以将「盾」、「盔」一并强化，可减少大量伤害。
此时阵容非常豪华，张飞参战比较容易被计策击溃，但是配合「铜枪」伤害亦不凡，也可用孙策、孙坚、曹操等将张飞、简雍换下，后者可通过训练将等级弥补，可酌情选择。队伍的平均等级建议通过训练和在野敌军战斗提升至LV9以上。
黑山之巅为第一章的最终战，战斗分为两个阶段连续战斗，张角施展太平要术的真谛，化身仙人和鬼神两种形态，两个阶段之间没有脱战补给机会。
仙张角阶段：把握住血量的恢复，优先击败张角。待张角阵亡后，迅速击破张梁、孙仲，二人的群体计策对恢复压力较大。剩下的敌军战力有限不足为虑，逐个击杀即可。由于此处是二连战，中途无法补给，所以切勿草率的结束本场战斗。需留下一名残血敌将，然后全军进行补给，恢复血量和计策值，保证第二阶段的战斗力。
鬼张角阶段：建议队伍平均等级达到LV10，习得「木心计」，「初心计」的恢复效果已经略显不足。鬼张角拥有「骑乘一」效果，受到所有伤害下降5%。首回合会施放强力的AOE武将技「真太平」，(二周目时黑张角会强制先手开启云龙阵，使队伍士气下降至50)，队伍的兵力和士气受到全面压制，麾下5名侍从在云龙阵的加持下每回合都会使用群体土石计，恢复压力较大。可以选择强势击杀鬼张角，但尽量在第五回合前击杀，否则张角第二段真太平施放出来会非常的危险，鬼张角阵亡后剩下的侍从就不足为虑了;二周目时此战推荐逐个击破侍从，打破云龙阵，再击杀鬼张角，同时注意第五回合张角的第二段真太平，可利用「防御」效果和恢复计策在第一回合稳住兵力，侍从数量减少后，就算鬼张角怒气恢复，再施放真太平也威胁不大，同时也失去了「骑乘」效果的保护，集中火力击杀即可。
注：全军抵达10级后，有曹操和孙坚加入的前提下，此战难度将会大幅降低。
两轮恶战胜利之后，张角最终战败，就在天公将军即将幻灭之时，左慈出现询问刘备是否理解张角。选择「选项一」，张角被斩，获得「太平要术」;选择「选项二」，张角存活，本传二周目张角仲间条件之一达成。任意选项完成之后刘备军获得造诣「太平天道」，黄巾祸乱就此告一段落。
重要提示：如刘备第二战败于鬼张角，天公将军因施法过度自行湮灭，左慈仙人便不会在此出现，将无法获得以上物品和造诣，但不影响剧情的进行。
离开黑山后，回平原城复命，大功告成之后曹操在入城时离开队伍，入大殿前孙坚父子也同时离队(强力外援说走就走，但可以提前留下他们的装备)。与刘焉对话后，刘备决定赶赴京城。于是刘关张和简雍四人，在平原城东南方向的渡口起身坐船，开始向洛阳进发，本章节「黄巾之乱」到此结束。
