晚上检查邮箱时突然发现了一封Jimmy老师的邮件，发现需要在3.6以上版本的R中安装这次单细胞上课所需要用的几个R包，于是便开始了自己的更新+安装R包的过程，然后整理了这份建议送给大家。
（新人小白所写，如有纰漏还望海涵）
step 1
建议先在Rgui中安装installr这个包，然后使用updateR()即可更新R至3.6.1（最新版本）。
参看 https://www.jianshu.com/p/2483070db99b
执行完正常的安装程序之后，会有几个提示，询问是否要复制旧的R包/保留旧的R包/更新旧的R包至新版本，全部点是就可以了。其中点了“更新旧的R包至新版本”这个问题的“YES”之后，会卡一段时间但没有任何提示，不要急，等着就行。（可以打开任务管理器看磁盘使用量来判断是否在执行更新操作）最后会有个提示问你是否要重启Rgui，代表R的更新结束了。
step2
实际上，虽然之前卡了一段时间，说是把旧的R包都复制过去了，但是我发现事实上不少以前安装过的R包并不能正常library出来。所以我重装了一遍
不过使用everything搜索后发现如图所示：
即，旧的R包都装在了Documents\R\win-library目录下的3.5文件夹中，而新装的R包只是在同个目录下新建了一个3.6文件夹并重新安装，所以我 尝 试 了 一 下 能不能直接新建个文件夹然后复制一下3.5里面的内容。
试了一下补充了旧的R包之后之后，我在3.6中尝试library了一下DESeq2，发现是可行的。（注意到除了文件夹是刚刚复制时候新建的以外，其中的内容都是3月安装时候的内容，以及RStudio中的提示library成功~）
但是要注意的是，因为R包文件夹中的文件数目特别的多，而且是C盘的读写，所以复制的速度也是相对比较慢的（但总比重新安装来得快）。
以及可能存在的问题就是这样直接复制会是较旧版本的R包，不过应该问题不大。。。
step 3
运行Jimmy邮件中的代码，安装以前没装过的较少的R包就行了，代码复制如下：
（我是直接翻墙了的，所以下载啥的都挺流畅的，并不确定不翻墙的话是否可行）
rm(list = ls())
options()$repos
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror
# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
pkgs = c("taRifx"
,"matrixStats"
,"ggplot2"
,"Rtsne"
,"fpc"
,"factoextra"
,"monocle"
,"viridis"
,"gplots"
,"RColorBrewer"
,"destiny"
,"slingshot"
,"rgl"
,"scatterplot3d"
,"made4"
,"pheatmap"
,"matrixStats"
,"statmod"
,"FactoMineR"
,"jackstraw"
,"ReactomePA"
,"org.Mm.eg.db"
,"clusterProfiler"
,"GOSemSim"
,"arulesViz"
,"ggpubr")
BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F)
library("taRifx")
library("matrixStats")
library("ggplot2")
library("Rtsne")
library("fpc")
library("factoextra")
library("monocle")
library("viridis")
library("gplots")
library("RColorBrewer")
library("destiny")
library("slingshot")
library("rgl")
library("scatterplot3d")
library("made4")
library("pheatmap")
library("matrixStats")
library("statmod")
library("FactoMineR")
library("jackstraw")
library("ReactomePA")
library("org.Mm.eg.db")
library("clusterProfiler")
library("GOSemSim")
library("arulesViz")
library("ggpubr")
因为是最新版本的R，所以安装R包的过程会非常顺利，没有一点问题。
step 4
使用如下代码可以看到所安装的R包的版本和数目：
pkgs<-installed.packages()
plot(as.factor(pkgs[,'Built']),col=2:4,main='Packages built version',ylab='Count of packages')
得到这么一张图：
可以看到因为有一部分R包是我直接复制的原因，所以还是存在一些3.5版本的，不过问题应该不大。只要保证Jimmy这次要求的R包是最新版本的就行啦~
