一、Haploview软件的安装依赖于java环境，因此在进行安装前要先安装java。
1.官网下载
https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/
根据系统的版本下载相对应的JDK，由于电脑是WIN10-x64位系统，故我这里选择jdk-8u333-windows-x64.exe
2.安装
①安装过程中会出现两次 安装提示 。第一次是安装 jdk ，第二次是安装 jre 。建议两个都安装在同一个java文件夹中的不同文件夹中。（不能都安装在java文件夹的根目录下，jdk和jre安装在同一文件夹会出错）。
3.配置系统环境
配置环境变量：右击“我的电脑”-->"高级"-->"环境变量"。
①JAVA_HOME环境变量
配置方法：在系统变量里点击新建，变量名填写JAVA_HOME，变量值填写JDK的安装路径。
②CLASSPATH环境变量
配置方法：新建CLASSPATH变量，变量值为：
.;%JAVA_HOME%\lib;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar
CLASSPATH变量名字，可以大写也可以小写。注意不要忘记变量值前面的点和中间的分号。且要在英文输入的状态下输入分号和逗号。
③path环境变量
配置方法：在系统变量里找到Path变量，这是系统自带的，不用新建。双击Path，由于原来的变量值已经存在，故应在已有的变量后加上：
;%JAVA_HOME%\bin;%JAVA_HOME%\jre\bin （win10去掉分号，隔行即可，如图）
3.测试环境
检验是否配置成功 运行cmd 分别输入java，javac， java -version （java 和 -version 之间有空格）。
打开cmd（Windows+R） ，输入：java 如图所示：
输入：javac 如图所示：
输入 java -version 如下图所示：
若如图所示 显示版本信息 则说明安装和配置成功。
4.若提示报错，可参考https://blog.csdn.net/qq_40670946/article/details/90200364，分析报错原因。
二、下载Haploview软件
https://www.broadinstitute.org/haploview/downloads
①下载Haploview.jar文件
点击可能会遇到打不开无法下载的情况，可到网页底部源码下载
②将 jar 放入非中文目录下
③在当前目录下地址栏输入 cmd 点击回车
③输入 java -jar Haploview.jar 命令回车即可打开Haploview
以上笔记仅供个人学习，如侵必删。
参考文章来源：
https://www.jianshu.com/p/febf09f4c2b3
