《规划》对主体功能区的内涵和划分做了阐述。按开发方式，分为优化开发区域、重点开发区域、限制开发区域和禁止开发区域四类；按开发内容，分为城市化地区、农业地区和生态地区三类；按层级，分为国家和省级两个层面。

优化开发区域包括环渤海、长三角和珠三角3个区域。

重点开发区域包括冀中南地区、太原城市群、呼包鄂榆地区、哈长地区、东陇海地区、江淮地区、海峡西岸经济区、中原经济区、长江中游地区（长江中游城市群）、北部湾地区、成渝地区、黔中地区（黔中）、滇中地区、藏中南地区、关中—天水地区（关中—天水经济区）、兰州—西宁地区（兰西经济区）、宁夏沿黄经济区和天山北坡地区（天山北坡经济带）等18个区域。

限制开发区域分为两类。一类是农产品主产区，这类地区主要包括东北平原主产区、黄淮海平原主产区、长江流域主产区等7大优势农产品主产区及其23个产业带。另一类是重点生态功能区，这类地区包括大小兴安岭森林生态功能区、三江源草原草甸湿地生态功能区、黄土高原丘陵沟壑水土保持生态功能区、桂黔滇喀斯特石漠化防治生态功能区等25个国家重点生态功能区。

禁止开发区域包括国务院和有关部门正式批准的国家级自然保护区、世界文化自然遗产、国家级风景名胜区、国家森林公园和国家地质公园等。