使用Cpptraj计算溶剂可及表面SASA
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使用Amber软件进行动力学模拟之后，有时会对轨迹的蛋白溶剂可及表面（SASA）进行分析，Amber软件中提供了两种方法进行计算，分别是molsulf和surf，下面简要介绍一下这两个算法的特点及应用：
（1）当计算比较整个蛋白的溶剂可及表面时，推荐使用molsurf算法，因为surf算法比较陈旧，molsurf算法更新也更准确；注意，molsurf计算的是对象的总面积，该总面积等于整个蛋白的溶剂可及表面，当计算蛋白某个部分或某些残基的SASA时，molsurf依然把他们看成一个整体，此时该总面积包含了原本包埋在蛋白内部的表面积，因此总面积大于这些部分的溶剂可及表面；
molsurf :1-200 out surf.out #计算蛋白（残基1-200）的溶剂可及表面，注意需选中蛋白全部残基
（2）因此，想要计算蛋白某个部分或某些残基的SASA时，应当使用surf进行计算；指定好相应的疏水残基和亲水残基，surf可以大致计算出疏水SASA和亲水SASA；命令行如下，一般情况下不需要加solutemask，默认体系中的非溶剂分子为溶质，但目前大多数情况模拟体系较为复杂，建议使用solutemask指定相应的蛋白。
surf :10-20 out surf.out solutemask :1-200 #计算蛋白（残基1-200）中10-20号残基的溶剂可及表面
（3）gromacs软件中也提供了计算溶剂可及表面的模块，而且经常见诸文献，然而Amber用户想要使用这一模块，需要安装gromacs软件，同时需要对Amber轨迹和拓扑文件进行转换，过程较为复杂。
注：原文字来自于我的科学网博客，但本文又新增了一些我的理解。
