1940年，白玫瑰集团的成员发出呼吁抵制纳粹政权的传单。
1945年，慕尼黑大学遭受了严重的轰炸，超过70%的城市建筑被毁。
1945年，当局关闭了大学，Rehm被任命为慕尼黑大学的临时校长。
1946年，7月23日正式重新开放。这是最后一所大学 1973年，28500名注册学生，雇员9255人。
1970年，新高等教育法案（Hochschulgesetz）废除了学生的工会。
1995年，“Landshuter freundesk reis”成为慕尼黑大学协会的一个重要组成部分。
2005年，W.Hänsch与两位美国研究人员分享了诺贝尔物理学奖。 2006年的总统选举制度再次被引入:校长贝尔德胡贝尔成为总统。LMU在卓越计划的第一阶段做得很好。
2012年，在“卓越倡议”的第二阶段，慕尼黑大学成为最成功的参与者。
