有一户人家养了一群鸽子，鸽子们每天清早出去觅食，傍晚归来。
它们每天飞往一片小树林里，在那里栖息，玩耍，找虫子吃。
有一天，忽然刮起了一阵强烈的台风，把这群鸽子吹散了。其中有只鸽子咕哩被吹到了一片遥远的森林里，这个森林每一棵树都无比粗壮，而且好像永远也飞不到边。不过森林里也有很多发光的花儿，有紫色的，有蓝色的，有荧黄色的，散发着热乎乎的香气，还有很多晶莹剔透的蘑菇，只要一靠近，就会像雨伞一样收缩。到处都是蘑菇和花儿，却见不到任何一个动物。咕哩几乎飞了一天一夜才看到了一个像大蘑菇一样的房子，它实在是累了渴了，于是飞进了房子里。这所房子里依然像森林里一样的陈列，全是小蘑菇作台阶，旁边是花儿作灯，不过这里的蘑菇碰起来没有反应。屋中央有个大桌子，是反过来的蘑菇做成的，一条条蘑菇齿里盛满了绿色的水，边上还有一些松子和鸟蛋。咕哩立马喝光了一条齿里的水，喝完还吃了些松子。正准备躺在一朵花上面入睡，忽然房子动了一下，升高了很多，从空中跳下一只小蘑菇。
小蘑菇弹跳了两下停下来，蘑菇头忽然裂开了一个口子，有个影子从中跳出，瞬间站在了大蘑菇桌子上，咕哩这才发现原来是一只松鼠。
这只松鼠长着长长的龅牙，一口一个鸟蛋，几秒钟就吃完了十个。他早已发现咕哩的存在，不过假装没有看见他，继续低头喝水。待吃饱喝足，又钻进蘑菇车里飞上去了，房子也变回了原来的高度。
咕哩太困了直接睡着了，一觉醒来，已经身在一片草地上，这是一个院子，用巨大的网罩起来，小鸽子根本找不到出口。他四处张望，发现了东南角有两团熟悉的白色，窝在草丛中，飞过去一看，原来是自己的姐妹咕嘟和咕奇，她们也发现了他，高兴的飞过来。咕哩问她们怎么也在这里，咕奇说：“我们被大风刮到了这片森林，一进来就掉到了蘑菇房顶，睡在花朵里，一觉醒来就在这个大笼子里了。”不过她们并没有见到松鼠，只见到了其他的鸟儿，他们全在这片草地上和树上。咕哩惊奇地说：“可是并没有看到其他鸟儿啊。”“别着急，一会儿就看到了”，咕嘟说。
不一会儿，一个颈上围着一圈羽毛的松鼠进来了，原来大门是一棵直径大约一米的松树。这只瘦高挑的松鼠走路脚尖着地，像个芭蕾舞演员，她将手上收缩的花儿向上一展，突然草地上所有的花儿都打开了，连树上也忽然之间开了好多花，而且每朵花里都蹲着一只鸟。只见松鼠再一扬手，鸟儿们纷纷飞到枝头，每朵花下面都有一个鸟蛋，这时松鼠用她细细的一根爪子将手中的花儿从底部向上一捅，好像一个开关，所有的花儿也开了个洞，鸟蛋们纷纷朝洞口消失了。松鼠再次将手中的花儿摆弄几下，鸟儿们都飞了进去，花儿再次合并，直至颜色变为透明，仿佛花儿消失了。松鼠一个轻盈的转身，走向那棵松树，停顿一秒，树门自动打开，她迅速地走进去，门立马就合上了。
“我们来的时候只看到了鸟儿吃食，没看到松鼠呢。” 咕奇说。“那他们怎么吃食呢？”咕哩问。咕嘟说：“中午就能看到了。”
到了中午，太阳晒在羽毛上有点热了。那些花儿纷纷显现出颜色，能看到里面的鸟儿一动不动的趴着，慢慢的，花儿舒展开放起来，鸟儿们纷纷飞到一旁，花儿的中心冒出了些谷物，待鸟儿们吃完，又涌出了些水，喝完之后鸟儿继续钻进花儿里趴着。
他们三商量着该怎么逃出去，因为咕嘟和咕奇很可能马上也要被装进花儿里下蛋，说不定咕哩也一样。那些鸟儿完全像机器一样不受自己控制了。可是这么大的地方，除了那棵树，就没有其他出口，天空中的网是由金属材料制成的，根本无法啄破。
下午鸟儿们被再次喂了一次食，这次瘦高挑的松鼠来到鸽子们面前，也给他们一些食物和水，咕哩接过水之后问她，能不能放他们三个出去，松鼠似乎并不明白他在说什么，待他们吃完，她做了个勾手指的动作将旁边一个蘑菇移了过来，按一下蘑菇头部，蘑菇车就打开了，她两只手分别朝鸽子和蘑菇做了个收拢的手势，鸽子们瞬间就被吸进了蘑菇里。
再出来时，咕哩发现他们又来到了一间巨大房子里，这里跟第一次进的蘑菇房构造差不多，但里面密布了好多管道，从墙壁穿进来，每根管子里底部都有些鸟蛋，顺着一个方向缓慢的滚落到海绵上。有个带白色手套黄色鸭舌帽的松鼠正将大海绵框里的鸟蛋装进几个小海绵框里，旁边还有一筐谷物。房子里面仍然有一张蘑菇桌，上面插满了花朵，还有很多绿色液体的瓶子。瘦高挑的松鼠走过去，拿了三朵花和三个瓶子，径直朝鸽子们走来，“不好，快飞！”咕哩扑闪起翅膀拍了咕嘟和咕奇，她们俩跟着乱飞起来，咕奇慌乱中打翻了松鼠手里的瓶子，液体溅到了那个戴帽子的松鼠脸上和唇上。这时瘦高挑松鼠将蘑菇车移过来，咕哩趁机飞到桌子上打翻了所有的绿色液体，“快去找窗户，咕嘟！”咕哩接着用嘴撕咬桌上的花儿。松鼠正要将咕哩收进蘑菇车里，咕哩一个飞身转弯拽住了一根鸟蛋管子，这时戴帽子松鼠蹲了下来，像那些鸟儿一样趴在地上，不一会儿又突然站起来扑闪扑闪的乱跑，将另一只松鼠绊倒了。咕嘟忽然想到松鼠进门的方式，她对着四面墙一通挥舞，总算有面墙被打开了，这时瘦高的松鼠已经站起来了，她对着他们又要做收拢动作，三只鸽子拼命朝门口飞去，无奈只有咕哩和咕嘟飞了出去，咕奇被收进了蘑菇车，门也合上了。
飞出来的咕哩和咕噜发现，刚刚那间房子已经消失了。只剩下一开始进来的那个房子。他们只好先飞到森林的别处，暂时躲避一下。
咕哩和咕嘟很快找到了一处藏身地——一棵大树上有根枝干被虫子啃噬了一个洞，洞口朝内侧，被树叶遮住，正好容纳两只鸽子还有点空余。
“我们出来了，可咕奇还困在里面，怎么办？”咕嘟皱着眉问咕哩。
“一定要想办法救她出来，而且越早越好！”咕哩坚定地说道。
“救她可没有那么容易——”不知从哪里冒出来一个声音，有点苍老，一字一顿的，好像是树底下，又好像是树上面，咕哩上下左右看了个遍都没找到身影。
“谁？快出来，吓死本宝宝啦！”咕嘟也在搜寻着问道。
“别害怕，孩子，我不会伤害你们的，我跟他们不一样。”老者说道。
咕哩更加好奇了，“你是一棵大树？还是一朵花儿？还是一朵蘑菇？”
老者回答：“我是一只松鼠。”咕嘟听完一声冷汗，和咕哩一起朝声音寻去，只见旁边大树下的一只蘑菇变亮了，慢慢地变透明了，里面端坐着一只红色毛发的松鼠，有个硕大的松球挂在他的颈上。他真的有些老了，腿站起来有点困难，尾巴上的毛全是灰白色。“我在这里已经生活两百多年了，日子过得真慢，总算等到你们这些闯入者了，也许这是森林的召唤，希望你们来拯救他们。”
“那些鸟儿？”咕哩问他，看到他的样子戒备感早已消失。
“是，但不止他们，整片森林都需要拯救，你看到的花儿很美很香，但那不是真的花，还有所有其他的动物，都被赶到了灭绝的边缘，他们不是完全消失了，而是隐藏起来了，但他们确实是越来越少了。”
“把那房子里的松鼠干掉就可以了？”咕嘟有点急切的问。
“恐怕没那么容易，还是听我告诉你们关于这片森林的秘密吧……”老松鼠慢悠悠地说，两只鸽子认真地听着，森林渐渐暗了下来，夜晚降临了。
原来，在这片繁茂的森林里，曾经住着无数的鸟儿和松鼠，他们彼此相安无事，松鼠吃他们的松子果儿，鸟儿们吃树上的果儿和虫子。
直到有一天，一只叫伏仔的松鼠无意中发现了一颗孤零零的鸟蛋，在饥饿和好奇心驱使下，他吃了这颗蛋，尝到了甜头之后，他开始召唤松鼠族大肆入侵鸟窝，偷抢鸟蛋，鸟鼠之间就产生了一场不可避免的大战。
在这个与外界隔绝的大森林里生活了数百年的鸟儿，向来崇尚和平，过着各自安逸的生活。松鼠的入侵，让他们毫无防备，从一开始鸟儿就损失惨重，他们的对抗方式更是让松鼠得寸进尺。
为了防止鸟蛋被偷抢，由母鸟守护家园，公鸟抵抗松鼠 。松鼠都是成群地有备而来，而鸟儿只会跟邻近的几只公鸟挥舞着翅膀对抗，松鼠不费吃灰之力就抢走了鸟蛋。
伏仔带领松鼠建立了他们的基地，他们计划要得到所有的鸟蛋，还成立了一间诱捕室，就是鸽子咕哩他们第一次进入的蘑菇房子。而鸟儿是没有家园的，他们只有各自的鸟窝，后来他们也建立了一个大房子，是由树枝和树叶围成的，根本不堪一击。
由伏仔带领的松鼠队伍越来越大，建立了越来越多的诱捕房，不停地研究出一些机器和液体，其中有种绿色液体，松鼠喝了没事，鸟儿一喝就会失去方向感，任由控制。诱捕房越来越多，每个诱捕房都有个小头目，伏仔掌管着一切，他所在的诱捕房是最大的。同时，他们在诱捕房边上建立了大型的鸟笼，就是放置所有鸟儿的大院。
由于没有首领，鸟儿几乎都被收进了鸟笼，源源不断的给松鼠提供鸟蛋，不能生蛋的鸟儿命运就更悲催，被带到地下工厂进行无休止的劳动，直到耗尽体力倒下去。
也有少数藏起来的鸟儿，暂时还没有被松鼠搜捕到，但现在这片森林的主人就是松鼠了。当然并不是所有的松鼠都参与了这场围捕，很多松鼠都反对伏仔这样干，他们起初是说服，后来是一场激烈的斗争，因为反对方老者偏多，论武力抵不过年轻松鼠队伍，最后双方达成了协议，除了伏仔的队伍，其他松鼠统统隐居起来，互不干扰，阻拦他们的计划的松鼠，会同公鸟一样被带到地下工厂劳动。
老松鼠说完这些深深地叹了口气，咕哩和咕奇听完也陷入了沉思中，他们一夜几乎没有入睡，一边警惕着外面的动静，一边商量着该怎么去救咕嘟。
咕哩和咕奇拟定了一份计划，第一步就是召集森林里所有隐藏起来的鸟以及不想参与捕鸟的松鼠，这个由方向感强的咕奇来搞定。咕哩则伪装成一只灰色的斑鸠，他将一只深色的蘑菇和一朵紫色的花，挤出汁液混合着灰尘涂抹在羽毛上。
咕奇就地收集了一些带柄的新鲜树叶，他给咕哩一片，可以在紧急情况下呼救联系。然后每寻找到一只鸟就发一片叶子，叶子的好处就是可以帮助鸟儿找到同类，叶柄会随时对着有鸟的方向，鸟儿越多的方向磁场越强。
咕哩装作误入蘑菇房子，这一次因为是白天，当他飞进来落到地面，就看到了一只戴手套的松鼠，手指朝咕哩和蘑菇车一挥，咕哩就被装进去了。
再次被带到鸟蛋房，里面多了几框鸟蛋，咕哩惊喜地发现咕嘟还在这个房间，但是被关在一个小笼子里。松鼠准备去拿另一个笼子，咕哩迅速地打翻桌上的绿色液体，松鼠匆忙用手去接快要掉到地上的液体瓶子，一把钥匙从他腰间掉下来，咕哩赶紧捡起来，连着笼子拎起咕嘟，就划了个开门的手势。
这次他开错了门，直接降到了地下室，咕哩赶紧打开咕嘟的笼子，这时那只松鼠也快追上来了，他们只好胡乱地飞，飞过了几个弯道，面前的现象让他们大吃一惊，一边是像上了发条不停忙碌的各种鸟儿，一边是堆积如山的鸟儿尸体，除了这只追赶的松鼠，这里就全是鸟了。
一些鸟儿在牵拉着输蛋管，一些在生产绿色液体，一些在提供食物和水。咕哩将一只鸟儿的输蛋管扯掉，发现他好像恢复了意识，接着他和咕嘟不停地扯其他鸟儿的管子，阻止干活的鸟儿们，但是这时地下室的门被关上了，那只松鼠走了。
解救了地下室的鸟儿，但是这下他们好像要全部完蛋了。
他们不知道的是，外面的鸟儿因为失去管道的吸力，也恢复了神志。
咕哩挥舞翅膀，但是打不开地下室的门，他们试着去找其他出口。地下室有一扇窗户，看似是空的，却飞不出去。这时有只麻雀说：“这是一种透明固体，用绿色液体可以将他们融化”。那只麻雀告诉咕哩，他是在这里生产液体的，这些液体就是用树叶汁液和蛋液混合而成的。
果然窗户打开了，咕哩说：“外面的大网兴许也能用这个融化掉。”于是他们分批带着一罐罐液体飞出去了。
外面的大鸟笼乱成了一锅粥，鸟儿到处飞，松鼠不停地用蘑菇车抓捕，咕哩掏出咕奇当时给的树叶,让其他鸟儿带着液体去叶尖指引的方向。果然那些液体对大网也起了作用，他们融化了一个个的洞。鸟儿们纷纷飞出去，但是被抓捕的鸟儿也很多。
飞出去的鸟儿朝着叶尖方向找到了外面的鸟儿，咕奇得知了大鸟笼的情况，一些松鼠告诉她打开蘑菇车的方法。于是咕哩带领着一部分鸟儿飞到了松鼠房，准备解救被捕的鸟儿。
来的松鼠也是越来越多，咕哩差点被装进了蘑菇车，好在咕奇及时赶到，用麻雀教的方法，挥舞比划了几次成功了，终于所有鸟儿都被解救出来了，空中排起欢乐的队伍，留下地上傻眼的松鼠们。
从松鼠房出来后，咕哩召集了所有鸟儿，开了一场森林大会，也请来了老松鼠。
咕哩说：“”大家以后要团结一致的守护家园，三个家庭一组在一颗的大树上安家，夜晚轮流看守，受到攻击时要一齐回击。”
“另外，每个家庭都要有一片叶子，这样可以在最快的速度飞到同伴最多的地方。”
从此以后，松鼠不敢再攻击鸟儿，森林又恢复到了原来的和平状态，咕哩、咕奇和咕嘟也在这里居住了下来。
