今天进行了转录组学习的第二课：生物信息软件的安装
Linux下conda的特性：
开源
package管理系统
环境管理系统
跨平台使用（windows, MacOS, Linux）
基本涵盖所有编程语言（Python, R, java）
下载并安装Miniconda（conda精简版，类似app store）: https://conda.io/miniconda.html
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh #'-c: 支持断点续传’
导入重要channel（类似应用分发市场）：
我的理解是：channel类似分类通道，一类软件或package就在一个channel下。
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda #conda下，针对生信软件安装的集成安装软件
# 添加清华开源软件镜像（使下载速度加快）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
软件安装升级及卸载
- 查找：
conda search fastqc #查找软件是否能在conda中下载
- 如果存在：
conda install fastqc
- 如果没有：通过编译自行安装（是个大坑，慎入！！！）
- 旧版本软件升级：
conda install samtools = 1.41 #安装samtools 1.41版本
conda update samtools #升级为samtools最新版本1.6.0
- 软件卸载：
conda remove samtools
编译安装生信软件
1. 如何编译
1.1 C语言samtools
- 配置：
./configure --prefix =
- 编译：
make
- 安装：
make install
- 如果报错，配置prefix
- 重新编译：
make clean
2.2 java
软件可以直接使用，无需编译
2. 添加环境变量
vi .bashrc
export PATH='/home/leon/miniconda2/bin:$PATH'
#存储退出后
source .bashrc #或者'. .bashrc'
