为澄清微型生物地理分布特征仍需大量数据的支持。深海占据海洋总面积的90％，并且存在大量特殊生境，如海山、冷泉、热泉和盆地等，因此可为微型生物地理分布的研究提供大量素材，成为研究微型生物地理分布的极佳场所。
通过深海真核微生物分子多样性的研究，在不同生境中发现很多新的分类阶元及特殊的多样性特征，为理解海洋生物多样性和生态系统特征等提供大量新鲜素材，但是同时发现深海中仍有大量生境并未得到研究，深海研究任重而道远
黑匣子有待揭示
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