第27课代码更新--xenium(CosMx等)邻域通讯

作者,Evil Genius

我对学习的态度就是,要学就全力以赴,完全掌握,不学就彻底不学,花钱让别人做,千万不要半学不学,时间浪费了,钱也花了,也没学会,还是要花钱请人分析,还不如好好玩2个月,回来请人分析数据了。

反正我都加了学员的微信了,我一直在,大家有问题直接找我即可,既然有这个资源,好好利用起来,我没有任何助理,都是我亲自来做,大家找到的就是我本人,甚至对我本人有意见,直接微信找我即可,合理的都会采纳。

今天这一篇我们来更新第27课的代码。

需要实现的目标是xenium(CosMx等)邻域通讯。

获取配受体空间分布如下的效果(我随意截取的数据,大家自己分析的时候要根据实际的数据来实现)

前面根据课程我们需要实现的内容

1、xenium(CosMx等)细胞注释。
2、xenium(CosMx等)空间亚型(依据空间细胞邻域的组成差异区分亚型),详细的分析策略与实现代码大家回看2026年空间转录组系列课程的第二十三课:Xenium(CosMx等)空间亚群分析。
3、空间细胞的临近性分析,只有临近才有可能实现通讯。

在前面的基础上,我们要实现我们空间邻域通讯的内容,其中关于领域距离的选择,下面这张PPT大家应该还记得吧。

为什么推荐20um和80um都分析一下,并且分开分析,课堂上进行了详细的讲解,学员会看一下视频即可。

接下来我们实现邻域通讯的分析目标,全流程python脚本,大家根据自己的课程,适当调整参数即可。

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