美好的一天，当然是从快乐学习开始啦！
老师又布置任务啦，现在来复盘一下！
（咳咳 图文无关，划掉重新说）
用R进行简单的数据处理，小菜鸡从一开始就遇到了问题，这代码敲起来咋这么蹩脚捏，真是寸步难行啊/(ㄒoㄒ)/~~
（果然实战能够很好的发现问题，小菜鸡下定决心要苦练代码了）
问题：
1.如何批量读取文件？
（比如说嵌套在一个个文件夹里的文件，你想手动挨个点开我也没话说）(转录组salmon的下游分析文件读取的方式蛮好的，有空好好学下)
2.读取文件指定列/行
（懒得读取一整个文件然后再提取，有什么办法可以直接提取吗？）
3.提取基因列表时的各种操作，比如取交并补集，全连接左连接右连接啥的
第三个问题中一些比较基础的操作参考 R语言 -- 交并补：intersect、union、setdiff、Reduce多重操作 - 简书 (jianshu.com)
当然小菜鸡早上做的时候毫无技术可言，因为只有6个文件，所以都是手动暴力读取的。现在想来进一步研究一下这个很重要很实用的问题。
问题1：批量读取文件
这里先看一下salmon下游分析是怎么读取文件的（之前欠的债了属于是）
开始之前认识一下你的数据！
查看一下quant.sf文件：
首先，获取文件路径
list.files() 输入当前路径，获取当前路径下所有文件的文件名
file.path()建立文件的路径，本例中即生成dir/name/quant.sf路径，默认把输入的参数用/连接，还可以设置不同的连接符，如fsep="\"
建立好路径之后，为路径赋一个名字
然后，根据路径读取文件
tximport导入salmon的结果，之后会将结果传递给DESeq2，附上函数说明
tx2gene是转录本与基因映射表，用于 tximport 的 tx2gene 必须第一列是转录本 ID 第二列是基因 ID, 对列名无要求。（tx2gene是如何生成的呢？见下方图）
这一步核心代码：
最后，查看结果：
结果怎么来的看懂了吗？推荐阅读 记录tximport对salmon数据处理的R语言源码 - 知乎 (zhihu.com)
问题2：读取文件指定行列
徐老师的这篇文章讲得非常详细了，先从这篇开始学习！
[「R基础」如何读取大文件的部分内容 - 简书 (jianshu.com)]
(https://www.jianshu.com/p/2fcfab4d4492)
-
读取指定行 ：给出2种方法
方法1：使用read.table()内置参数nrows就可以啦
方法2：使用readLine()读取行，然后再用strsplit()以“\t”为分隔符进行切割
（用python处理碱基序列的时候经常这么干）
-
读取指定列
这个有点难啦，其实懂了也就那么回事
1.准备好class（第三张图是关键），他是字符串，存放文件每一列的数据类型，注意：保留你需要的列的数据类型不变，将剩下的设为NULL，最后加上第1列
2.按照修改后的class读取文件
warning可以看这个贴子：关于r：在read.csv中指定colClasses | 码农家园 (codenong.com)
最后，附上一张徐老师的图，共勉💪💪💪
