写在前面
这大半个月我都在医院待着，确实无法做太多事情，于是选择看一些文献。选择的是目前开发最完善，且可以说是在IGV-GSAme【之前我改造的IGV版本】出现之前的唯一一款基因结构注释人工矫正软件-Apollo。
这个软件的开发历史比较有趣，或许以后我也会忘记，所以记下来。
项目需求驱动下的开发
Apollo的前身可以说是Artemis和Clonecurater，见上述的前两篇文章。这两个软件主要功能均是基因组浏览器。矫正基因结构注释在了解基因组的人眼中是非常重要的工作，于是软件团队【注意是团队，跟具体的作者似乎毫无关系，在paper中可以看到We，然而在作者列表中，看不出来有哪个作者在两个团队中出现，有点诡异】开发了Apollo。这个Apollo文章发表在2002年，那会还没高通量测序什么事情，所以基本支持的是比较常见的注释信息文件和Blast等软件的结果，甚至还支持了两物种的共线性区域可视化。毕竟近源物种的注释事实上却是也可以辅助注释。这个时候，Apollo是一个桌面软件，类似桌面版本的IGV。
伴随数据类型的变化开发
就这样，过了七年。在此期间，Apollo团队为了更好的管理基因结构注释信息，提出了Chado等数据库框架【于是发了paper】。在2009年，发表了新版的Apollo。我们很清楚哈，02年到09年，此时国内的高通量测序热潮尚未完全起来，但芯片早已席卷全世界。当然，国外高通量测序也不差。整体上，表达量数据已经有挺多的。所以Apollo的这一版本，主要整合了表达量等track，另外就是Chado的应用和撤销编辑操作，随后则是GFF3文件导入的支持，当然，还有支持远程数据的获取，类似现在的IGV远程数据。总的来说，那会 illimuna测序还在跟454 solid的拼杀，并没有那么大量的读段数据，所以，这个版本并不支持read alignment track....
高通量数据技术改变了一切
09年到13年，四年的时间，高通量技术飞速发展，测序与技术服务公司遍地开花。在这一趋势下，Apollo团队似乎放弃了已有的桌面框架，直接使用网页基因组浏览器明星JBrowser作为开发基础，将Apollo的界面需求实现为JBrowser的一个插件。当然，后台，或者针对基因结构注释信息矫正的业务逻辑，应是继承原有设计。由于使用了JBrowser，作者团队就直接避免了各类高通量测序数据可视化的处理逻辑，而只需要关注好如何做好基因结构注释 矫正的Track，可以说，机智无比。
当然，成为网页版，确实还是有一定的好处，所以这一版本的Apollo文章，名为Web Apollo，亦即网页版的Apollo【现在，桌面版的都完全找不到了，其实找到了也没用，因为旧版本的...根本带不动大的基因组或者大的数据文件】。网页版，于是开始支持多人异地同时矫正基因结构注释，可以说，这是一个非常优秀的操作。当然了，网页版有好有坏，网络响应速度呢？这是一个非常有趣的问题。
比起网页，我个人觉得这一版本的一个有用的地方或许是，不仅可以矫正注释 ，还可以矫正序列！这一特性非常有用，尤其是在基因组组装序列存在大量SNP或者序列上有错误的情况下。
这四年间，其实还有一款也号称可以矫正基因结构注释的浏览器发布了，GenomeView。这块软件，讲真的，我觉得似乎比IGV更加优秀，作者是当今世界数位【或者说两位？】比较基因组大牛之一的Yves Van de Peer团队。这款浏览器从文章上来说，覆盖了各种基因组浏览器需求。文章中提到了可以做基因结构注释 信息矫正，当然，可惜的是。。。似乎只能通过右键菜单，坐标数值修改。
基于我个人下载并测试的体验，其实，我觉得似乎很不错，感觉比IGV还优秀...当然，似乎使用的人不多。文章是12年发表的，而18年仍然有在更新。或许今年还有？
基因组浏览器总是很多的，但是如果一款软件写出来，而很少人用的话，那么其实或许确实不会有人愿意继续写下去。
持续的用户意见收集与优化
活着的软件，总是优秀的。12年发表的Web Apollo。七年后，亦即今年，Apollo团队再次发表了Apollo的更新版本。事实上，从表象来看，并不能看到Apollo有明显的变化。但从作者的行文以及我个人对软件开发的理解来说，事实上，作者对底层做了大量的优化和改进，然而，真的是很难写出到底在哪里更好。
当然最有趣的是，作者在讨论部分提出接下来的开发方向之一是，使用Graph Database。早期作者使用的是Naive的数据库，后来用Chado。费劲千辛万苦，现在说Chado不要了，准备用新的。
事实上，仅仅是优化，而没有提出新的亮点，文章总是不好发的。可以从这几篇Apollo文章的发表期刊看端倪。
当然，接下来会如何，那就只能等几年之后再来看看了。
写在最后
看了这几篇文献，Emmm....果然，我搞不了各位张口闭口的生物信息。
