多序列比对+绘制进化树+多序列比对logo图

多序列比对（Multiple Sequence Alignment，简称 MSA）大家应该都不陌生了吧！这是用于比较多个序列相似性和差异性的常用分析方法。

在 Linux 系统中，常用的多序列比对工具包括 ClustalW、Muscle 和 MAFFT 等，而在 Windows 系统中常见的选择是 Mega。

在这里，我们将介绍如何直接在 R 中绘制多序列比对的结果。

内容包括，多序列比对、构建 NJ 树，以及绘制和保存环形与长方形进化树。

我们这里以跑10条左右的序列为例子，并提供2个代码。

代码1：

安装包并写入文件

计算距离矩阵、画树并生成树文件

注：这里生成的树文件就可以用MEGA或者iTOL润色了。

以下是一个完整的代码

生成3张树图

1）FASTA 文件处理与多序列比对：从指定的 FASTA 文件读取序列，并进行蛋白质类型的多序列比对。

2）计算距离矩阵：基于比对结果，计算序列之间的距离矩阵，使用 dist.alignment()。

3）生成邻接法树：使用邻接法（Neighbor-Joining）生成系统发育树，nj() 函数完成这一步。

4）保存树文件：将生成的树以 Newick 格式保存为 phylogenetic_tree.newick 文件。

5）树图绘制：① 绘制三种类型的树图（无根树、圆形树、矩形树），并分别保存为 PNG 图像文件。② 树图会进行美化设置（树枝颜色、宽度、标签大小等）。

6）生成的文件：

t.fa为输入文件

① aligned_sequences.fasta: 存储比对后的FASTA序列。

② phylogenetic_tree.newick: 存储生成的树的 Newick 格式。

③ unrooted_phylogenetic_tree.png: 无根树图。

④ Circular_phylogenetic_tree.png: 圆形树图。

⑤ rectangular_phylogenetic_tree.png: 矩形树图。

代码2：

需要代码call me

① 该代码首先执行多序列比对，并生成距离矩阵用于 NJ 树构建。

② 利用 ggtree 绘制 NJ 树的环形和长方形布局，分别保存为 PDF。

③ 使用 ggmsa 对原始序列文件进行可视化，生成比对图并保存为 PDF。

生物信息学领域非常广泛，难以一次说尽。我们下次继续更新，一起深入学习生物信息学的内容！

喜欢的宝子们点个赞吧~码字不易，且行且珍惜~