很多人会使用PGA进行叶绿体基因组注释,但是PGA产生的genbank文件不够规范,对其进行以下修改,能解决很多问题:
vi PGA.pl
2078行开始改
my $num_blank=20-length($filename);
my $my_blank=" "x$num_blank ;
print $out_annotation "LOCUS $filename $my_blank $length_cp bp DNA $type PLN $time"."\n";
用修改后的PGA.pl产生的gb文件
==> output1/sequence.gb <==
LOCUS sequence 160301 bp DNA circular PLN 13-APR-2021
用修改前的PGA.pl产生的gb文件
==> output2/sequence.gb <==
LOCUS sequence 160301 bp DNA circular PLN 13-APR-2021
差别主要在第一行,修改后的才是符合标准的