Linux系统下安装C软件

学习徐州更老师的《生信必修课之软件安装》笔记 https://ke.qq.com/course/310838。

此次安装的有：sratoolkit, hisat, 和NCBI blast
习惯将安装包放在~/src 下，将解压缩的内容放在~/op/biosoft
因此，新建biosoft文件夹

mkdir -p ~/opt/biosoft
mkdir -p ~/opt/sysoft

wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz

-c表示断点续传
下载完成后，解压缩

tar -zxvf sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz

将解压缩的内容移动到src文件夹下面

mv -i sratoolkit.2.9.2-centos_linux64 ~/opt/biosoft/

同理，下载HISAT2

wget -c ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-OSX_x86_64.zip

解压缩，但这回是zip结尾，所以

unzip hisat2-2.1.0-OSX_x86_64.zip
mv hisat2-2.1.0-OSX_x86_64.zip ~/opt/biosoft

下载NCBI-blast

wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

最后编辑于：2019.06.02 09:41:23

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成，浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。